ÖZET Doktora Tezi BAKTERİYEL HEMOGLOBİN GENİ KLONLANMIŞ Pseudomonas sp.'LERİNİN ÇEŞİTLİ ZARARLI AROMATİK MADDE YIKIM POTANSİYELLERİNİN ARAŞTIRILMASI Hüseyin Kahraman İnönü Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı 100 + xii sayfa 2004 Danışman: Yrd. Doç. Dr. Hikmet Geçkil Bu tezde, Pseudomomas aeruginosa ile onun Vitreoscilla hemoglobin geni klonlanmış rekombinant susunun önemli endüstriyel aromatik kirleticilerden olan toluen, benzoik asit, 1C1 2,4- Dinitrobenzen, ksilen ve benzen yıkımı çalışılmıştır. Pseudomonas aeruginosa ve çeşitli suşlan gen transferi, ekspresyonu gibi çalışmalarda oldukça yaygın olarak kullanılan ve canlılar için çoğu zaman zararlı ve canlılar tarafından yapılmayan birçok heterohalkasal bileşikleri doğal olarak yıkma kabiliyeti ve yüksek solvent direnci ile bilinmektedir. Bu çalışmada Vitreoscilla sp.'den elde edilen bakteriyel hemoglobin (vgb) geni kopyalanmış rekombinant suş ve onun konakçısı yabanıl tip Pseudomonas aeruginosa 'nın solvent yıkma kapasiteleri ayrıntılı olarak incelenmiştir. Rekombinant suş vgb'yi tek kopya halinde (homolog rekombinasyon ile) taşımaktadır. Bakteri hemoglobin geninin bu yeni konakçıdaki hemoglobin proteini (VHb) sentezleme düzeyi, bakterilerin biyokimyasal ve fizyolojik karakteristikleri üzerine yaptığı etki ve bu etkilerin muhtemel uygulamaları çalışılmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Vitreoscilla hemoglobini, Bakteriyel hemoglobin, Aromatik hidrokarbonlar, BTEX
SUMMARY PhD Thesis THE POTENTIAL USE OF Pseudomonas sp. ENGINEERED WITH THE BACTERIAL HEMOGLOBIN GENE FOR THE DEGRADATION OF VARIOUS HARMFUL AROMATIC COMPOUNDS Hüseyin Kahraman inönü University Institute of Science and Technology Biology Division 100 + xiipp 2004 Advisor: Hikmet Geçkil, Assistant Professor This thesis is concerned with the potential use of Pseudomomas aeruginosa and its recombinant strain carrying Vitreoscilla hemoglobin gene for degradation of important harmful aromatic compounds as toluene, xylene, benzene, benzoic acid and 1C1 2,4Dinitrobenzene. Pseudomonas aeruginosa and its various strains are known for their ease of use characteristics allowing gene transfer, expression and capabilities of degrading the heterocyclic aromatic compounds which are mostly harmful to all organisms. In this study, a detailed investigation of degradation of these single ring aromatic compounds by the recombinant strain that bears the Vitreoscilla hemoglobin gene (vgb) and its parental wild-type strain Pseudomonas aeruginosa was carried out. Furthermore, the effect of Vitreoscilla hemoglobin on biochemical and physiological characteristics of P. aeruginosa and potential applications of these characteristics were studied. ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Vitreoscilla hemoglobin, Bacterial hemoglobin, Aromatic hydrocarbons, BTEX in