Yazar "Dündar, Muhammed" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 3 / 3
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    A549 insan akciğer adenokarsinom hücre hattında rna temelli p53 tümör supresör gen aktivasyonu ve kras proto-onkogen inhibisyonunun kombine olarak terapötik kullanımının araştırılması
    (İnönü Üniversitesi, 2023) Dündar, Muhammed; Koç, Ahmet
    Amaç: Çalışmada, mutant KRAS ve yabani tip p53 taşıyan kanser hücrelerinde KRAS ekspresyonunu inhibe eden siRNA ile p53 ekpresyonunu aktive eden saRNA'nın birlikte kullanımının ayrı ayrı transfeksiyonlarına kıyasla antikanser etkisinin ortaya konması ve yeni bir RNA temelli terapötik yaklaşım geliştirilmesi amaçlanmıştır. Materyal ve Metot: Çalışmada temel olarak A549 hücre hattı ve kontrol olarak HCT116 hücre hattı kullanıldı. AuNP sentezi gerçekleştirildi, sentezlenen AuNP'lerin küçük RNA'lar ile konjugasyonları yapıldı ve hücreler konjugatlar ile transfekte edildi. Transfeksiyon sonrası mRNA ve protein ekspresyonu analizleri sırasıyla RT-qPCR ve Western Blot yöntemleri ile gerçekleştirildi. mRNA ve protein analizleri ile etkili küçük RNA konsantrasyonları belirlendi. Belirlenen konsantrasyonlar kullanılarak kombine ve ayrı ayrı olarak transfeksiyon işlemleri gerçekleştirildi ve hücre canlılığı testi, hücre döngüsü analizi, apoptoz ve nekroz testi, koloni oluşturma deneyi, yara iyileşmesi deneyi, invazyon ve migrasyon deneyleri yapılarak tranfeksiyonun neden olduğu hücresel düzeyde olaylar incelendi. Student's t-test uygulanarak sonuçlar istatistiksel olarak değerlendirildi. Bulgular: Her iki küçük RNA'nın birlikte 50 nM konsantrasyonla transfekte edilmesi, ayrı ayrı transfeksiyonlarına kıyasla sırasıyla A549 ve HCT116 hücre hatlarında p53 mRNA seviyelerinde (p<0.001, p<0.01) ve protein seviyelerinde (p<0.001, p<0.01) önemli bir artışa neden olduğu ve KRAS mRNA ve protein seviyelerini değiştirmediği saptandı (p>0.05). Her iki hücre hattında, kombine tedavi yaklaşımının ayrı ayrı transfeksiyonlara kıyasla hücre döngüsünü G0/G1 fazında daha fazla durdurduğu, apoptozu daha çok tetiklediği ve hücre proliferasyonunu, koloni oluşturma yeteneğini, invazyonu ve migrasyonu daha fazla azalttığı belirlendi. Sonuç: Çalışmamıza konu olan kombine yaklaşımın her iki hücre hattı için kontrol grubuna kıyasla antikanser etki sağladığı ve bu yaklaşımın her iki küçük RNA'nın ayrı ayrı sağlamış olduğu antikanser etkiye oranla çok daha fazla antikanser etkiye sahip olduğu ortaya konmuştur. Anahtar Kelimeler: A549, HCT116, siRNA, saRNA, KRAS, p53.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Overexpression of yeast YLR177w gene provides tolerance to antifungal drug tioconazole
    (2022) Koç, Salman; Dündar, Muhammed; Koç, Ahmet; Isik, Ozlem Aybuke
    Aim: To find genes that provide resistance to antifungal drug tioconazole by a genomic DNA screening approach. Materials and Methods: Wild-type yeast (BY4741) cells were transformed with a high copy genomic DNA expression library and transformants that can grow on toxic levels of Tioconazole were determined. Library plasmids were isolated from the transformants and sequenced for the identification of potential tioconazole resistance gene(s). Results: Yeast YLR177w gene was isolated as a potential tioconazole resistance gene. Its overexpression led cells to tolerate normally toxic levels of tioconazole. Deletion of the YLR177w gene from the yeast genome made cells more vulnerable to the drug. Conclusion: Yeast YLR177w gene encodes a putative protein of unknown function. Our analyses suggest a potential function for the YLR177w gene for tioconazole resistance.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Synthesis, characterization, and anticancer evaluation of N-Heterocyclic entities: ADME profiling and In Silico predictions
    (Elsevier Inc., 2026) Abbaoui, Zakariae; Khibech, Oussama; Karci, Hüseyin; Dündar, Muhammed; Özdemir, İlknur; Gürbüz, Nevin; Koç, Ahmet
    This study aimed to synthesize a novel series of N-heterocyclic compounds and evaluate their integrated pharmacological potential by coupling in vitro selective cytotoxicity on tumor and normal cell lines with predictive in silico ADME-Tox profiling. This research highlights the anti-cancer potential of twelve synthesized compounds, five of which are new chemical entities never before described in the literature. Their detailed structural characterization (NMR 1H, 13C, IR), combined with in silico predictions (ADME-Tox), confirmed their ability to cross essential biological barriers, in particular the intestinal membrane and, for certain derivatives, the BBB. Biological evaluations conducted on SH-SY5Y (neuroblastoma) and HCT116 (colorectal carcinoma) cell lines revealed several compounds with IC50 values lower than those of cisplatin while exhibiting reduced cytotoxicity towards the normal human epithelial BEAS-2B cell line. In particular, the compound (1H-imidazol-1-yl)methanol (designated as Compound 6) stands out with IC50 values of 6.97 ± 0.06 µM on SH-SY5Y and 10.70 ± 0.33 µM on HCT116, significantly lower than those of cisplatin under the same experimental conditions. This profile, combined with virtually no toxicity on normal BEAS-2B cells (IC50 > 800 µM), highlights its remarkable selectivity. These results highlight optimized pharmacological properties and suggest the potential for developing selective therapeutic agents against different types of cancer, particularly neuronal and colorectal tumors. Future research will focus on in-depth mechanistic studies and in vivo validation to optimize the efficacy, pharmacokinetics, and safety of these promising molecules. © 2025