Yazar "Gencer, Salih" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 4 / 4
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Impact of the Ceramide Metabolism on Primary Cilia Length and Tumor Metastasis in HNSCC Cells(2019) Gencer, SalihAbstract: In the last decade, particular sphingolipids have become renowned for their participation in cell membrane functions and signaling proceedings that regulate a wide array of cellular manners. Ceramide is a major molecule of sphingolipids metabolism. It plays vital roles in mediating the major cellular functions such as cell differentiation, cell-to-cell communication, apoptosis, and proliferation. Recent studies have shown that ceramide metabolism and their metabolic enzymes take important role during migration and cell mobility process. However, the molecular mechanism of sphingolipids involved is unknown. Our efforts in this study, which are serving mechanistically the understanding of ceramide, will be shade some light on this unknown. In this work, particularly, we looked at the effect of ceramide syntheses on migration ability of UM-SCC-22A head and neck squamous carcinoma cells. Briefly, we identified that alterations in ceramide metabolism by pharmacological inhibitor fumonisin B1, reducing bioactive ceramides, results in activation of the TGF-ß receptor type I and II (TßRI/II) cell surface localization and, leading to increased cell migration/invasion in UM-SCC-22A head and neck squamous carcinoma cells. On the other hand, primary cilia length in UM-SCC-22A cells did not changed by decreased ceramide amount. Thus, these data reveal that ceramide synthases/ceramide is a novel factor that regulates TßRI/II to the primary cilium, controlling cell migration and cancer metastasis.Öğe Mide kanserinde matriks metalloproteinaz (MMP) genlerinin ifadesi üzerine oksidatif stres ve RNA müdahalesinin etkisi(İnönü Üniversitesi, 2009) Gencer, SalihMide kanseri dünya genelinde en sık görülen dördüncü kanser türü olup son yıllarda görülme sıklığının azalmasına rağmen, kanserle ilişkili ölüm nedenlerinin başında gelmektedir. Kanserin ortaya çıkmasında oksidatif stresin rol oynadığı her ne kadar bilinse de, bu ilişkinin nasıl olduğu çok iyi bilinmemektedir. Tümör hücrelerinin invazyon ve metastaz yapmaları, bölgesel bağ dokuyu parçalayan matriks metalloproteinazlar (MMP) ile gerçekleşir. Tümör hücrelerinin daha agresif hale gelmesinde ve genel anlamda kanserin yayılmasında MMP'ler büyük öneme sahiplerdir. Bu çalışmada, tümör invazyonunda rol oynayan MMP genlerinin ve onkojenik transformasyonda rol oynayan ß-katenin'in gastrik kanser biyopsilerinde ve hücre hatlarında oksidatif strese bağlı olarak değişimlerinin gösterilmesi amaçlanmıştır. AGS hücre hattında MMP-3'e özgü RNA müdahalesinin etkisini araştırmak çalışmanın diğer bir amacını oluşturmaktadır. Gastrik kanserli biyopsi örneklerinde gen ifadelerine RT PCR, hücre hatlarında stres koşulları altında değişen gen ifadelerine ise Q-RT PCR ile bakılmıştır. Doku örnekleri ve hücre hatlarında ß-katenin ve 8-OHdG'in lokalizasyonuna immünohistokimyasal yöntemle bakılmıştır. Değişen stres koşullarında hücre hatlarının invazyon seviyelerine bakılmıştır. MMP-3'ün ifade olduğu AGS hücre hattında MMP-3 siRNA'sı hücre içerisine transfeksiyon yöntemi ile sokulup gen ifadesi değişimlerine Q-RT PCR ile bakılmıştır. Çalışılan doku örneklerinde MMP ve ß-katenin geninlerinin tümörlü dokularda daha fazla ifade olduğu görülmüştür. Hücre içinde ß-katenin'in % 85 oranında sitoplazmik ve membranöz lokalizasyonu görülürken, % 20 oranında nükleer lokalizasyonu görülmüştür. Hücre hatlarında H2O2'nin göstermiş olduğu toksisite benzerlik gösterirken, hücrelerin bu strese verdikleri tepki farklı olmuştur. MKN-45 hücre hattı H2O2 ile apoptoza girerken diğer hücre hatlarının girmediği görülmüştür. H. pylori enfeksiyonu'nun ß-katenin ve MMP genlerinin ifadelerinde değişiklik yaratmazken H2O2 MMP-1, MMP-7, MMP-14, MMP-15, MMP-17 ve ß-katenin ifadesinde artışa sebep olmuştur. Stres koşulunun ortadan kaldırıldığı durumda gen ifadelerinde görülen azalış, gen ifadelerindeki değişmenin tamamen oksidatif strese bağlı olduğunun göstergesidir. AGS hücre hattında MMP-3 genin susturulması MMP-15 ifadesini azaltırken MMP-10'nun ifadesini arttırmıştır. Gastrik kanserde de MMP-3 genin diğer MMP'leri regüle etmesiyle kilit bir göreve sahip olabileceği düşünülmektedir.Öğe Vitreoscilla hemoglobin geni klonlanmış bakterilerde L-asparajinaz enziminin sentezi: Önemli bir kanser kemoterapi ajanı(İnönü Üniversitesi, 2004) Gencer, SalihÖZET Yüksek Lisans Tezi Vitreoscilla HEMOGLOBİN GENİ KLONLANMIŞ BAKTERİLERDE L-ASPARAJİNAZ ENZİMİNİN SENTEZİ: ÖNEMLİ BİR KANSER KEMOTERAPİ AJANI Salih GENCER İnönü Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı 58 + x sayfa 2004 Danışman: Yrd. Doç. Dr. Hikmet GEÇKİL Bazı gram-negatif bakterilerde bulunan L-asparajinaz enzimi başta çocuk lösemisi olmak üzere, lenfosarkoma, melanosarkoma olmak üzere çeşitli kanserlerdeki yüksek terapötik değeri ile bilinmektedir. Onkolitik bir enzim olan L-asparajinazın bu bakteriler tarafından sentezi karbon, azot ve oksijen gibi çevresel ve besinsel faktörler tarafından oldukça regüle olmaktadır. İlk kez bu çalışma kapsamında etkin bir oksijen alım sistemi ile donatılmış rekombinant bakterilerde ve onların konakçı suşlannda {Enterobacter aerogenesve Pseudomonas aeruginosa) bu enzimin sentezinin nasıl regüle olduğu çalışılmıştır. Her iki bakteri de bu enzimi üretme potansiyelleri ile bilinen fakat oldukça farklı metabolik stratejileri olan organizmalardır. Bu çalışma, ikisi de gram-negatif bakteri olmalarına rağmen, her iki bakterinin aynı şartlar altında oldukça farklı enzim seviyelerine sahip olduğunu ve etkin bir oksijen alımı sağlayan Vitreoscilla hemoglobininin (VHb) bu bakterilerde eksprasyonu da L-asparajinaz üretiminde farklı etki yarattığım göstermiştir. Özellikle, E. aerogenes'de L-asparajinaz sentezinin VHb'nin varlığında kontrol hücrelere göre önemli ölçüde değiştiği gözlenmiştir. Bu bakteride VHb enzim üretimini 10 ila 100 kat arasında baskılarken, tersine, P. aeruginosa' dz. enzim üretiminin VHb içeren susta daha yüksek olduğu saptanmıştır. Bu nedenle, her iki bakteride enzimin katabolit represyon ve oksijenle farklı regüle olduğu ortaya konmuş ve bir bakteri için geçerli optimal üretim koşullarının diğer bir bakteri türü için kullanılamayacağı saptanmıştır. Ayrıca, çeşitli oksijen konsantrasyonlarının ve karbon kaynaklarının L-asparajinaz üretiminde sınırlayıcı rol oynadığı göz önüne alındığında etkili bir oksijen alım sistemi olan Vitreoscilla hemoglobin teknolojisinin bu enzimin üretiminde en azından bazı bakterilerde önemli bir avantaj sağlayacağı düşünülmektedir. ANAHTAR KELİMELER: L-asparajinaz; Vitreoscilla hemoglobini; Bakteriyel hemoglobin; Kemo terapötik enzimler; Anti-neop lastik ajanlar; Akut lenfoblastik lösemiÖğe Vitreoscilla hemoglobin geni klonlanmış Enterobacter aerogenes: Bazı endüstriyel uygulamalar(2005) Kahraman, Hüseyin; Ateş, Canan Nafia; Erenler, Şebnem Özalp; Aydın, Süleyman; Geckil, Hikmet; Gencer, SalihEnterobacter aerogenes, hipoksik ortamlarda karbohidrat kaynaklarını bütandiol fermantasyonu yolu ile metabolize eder ve endüstride önemi olan iki çeşit ürün, asetoin ve bütandiol, oluşur. Bu ürünler petrokimya sanayiinden, kozmetik sanayiine önemli uygulama alanlarına sahiptir. Ancak, böyle bir ortamda oksijen seviyesinin daha ileri derecede düşmesi ve ayrıca ortamın asiditesinin artması bakterinin çoğalmasını engellemekte ve dolayısı ile de ürün oluşumunu önemli ölçüde baskılamaktadır. Böyle bir sistemde hem oksijeni daha etkin kullanmaya olanak sağlayan ve hem de ortam pH değişimlerine karşı bir tampon gibi görev yapan VitreosciUa hemoglobinin kullanılması önemli avantaj sağlayabilir. Bu çalışmada oksijeni belli kritik seviyelerde tamponlama özelliği ile bilinen VitreosciUa hemoglobininin yukarıdaki iki çeşit solventin üretimine etkisi araştırılmıştır. Ayrıca, bakterilerin çoğalma karakteristikleri, oksijen alım yetenekleri ve asit üretimleri araştırılmıştır. Asetoin ve bütandiol üretimi suşlarm hepsi için zaman bağlı olarak artış göstermiştir. Kültürün ilk evrelerinde (24 ve 48. saatler) suşlar arasında büyüme benzerlikleri onların asetoin ve bütandiol üretimlerinde de benzerlikle kendini gösterirken, daha ileriki fazlarda (72 ve 96. saatler) VHb eksparsyonu yapan susun (Ea[pUC8:15]) bu proteini içermeyen suşlara (Ea ve Ea[pUC8]) göre oldukça önemli (% 50'ye varan) miktarda daha fazla solvent ürettiği belirlenmiştir. Bu fark VHb eksprasyonu yapan susun bu solventleri içeren kaotik bir ortamda diğer iki susa göre daha uzun canlı kalması ile ilişkilendirilebilir. Oksijen alım özellikleri karşılaştırıldığında, Ea[pUC8:15], ana konakçı (Ea) ve komplementer bir plazmid taşıyan fakat VHb eksprasyonu yapmayan susa (Ea[pUC8]) göre önemli derecede yüksek oksijen alımı göstermiştir. Tüm suşlarda en yüksek oksijen alımının erken loagritmik fazda (6. saat) olduğu ve geç logaritmik faza doğru (9. ve 12. saatler) önemli düşüş gösterdiği gözlenmiştir.
