Yazar "Çelik, Betül" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 2 / 2
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Çoğul dirençli acinetobacter baumannii suşuna özgü litik bakteriyofaj araştırılması(İnönü Üniversitesi, 2017) Çelik, BetülÇoğul Dirençli Acinetobacter baumannii Suşuna Özgü Litik Bakteriyofaj Araştırılması Amaç: Acinetobacter baumnnii özellikle yoğun bakım ünitelerinde çok sık saptanan önemli bir hastane patojenidir. Artan antimikrobiyal direnç, bu bakterinin neden olduğu enfeksiyonların tedavisini zorlaştırmış ve son zamanlarda tüm antibiyotiklere dirençli suşların yaygınlaşması sonucu önemli hasta kayıpları yaşanmıştır. Bu sorun, antibiyotik çağı öncesinde popüler olan bakteriyofaj terapisini yeniden gündeme getirmiştir. Bu çalışmada, çoğul ilaç dirençli A. baumannii suşuna özgü litik bir DNA fajının izole edilmesi, karakterizasyonu ve tedavide kullanım potansiyelinin araştırılması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: İnönü Üniversitesi atık su tesisleri ve kampüs çevresel su kaynaklarında belirlenen toplam 22 farklı bölgeden 250 su örneği alınmıştır. Bu örneklerde litik bakteriyofaj aranması çift agar yöntemi ile yapılmıştır. Potansiyel litik bakteriyofajların morfolojik ve genomik karakterizasyonları için SDS-PAGE, DNA dizi analizi ve elektron mikroskobu kullanılmıştır. Bununla birlikte, potansiyel litik faj adaylarının konak özgülüğü 130 klinik A. baumannii izolatı ve diğer gram negatif ile türler üzerinde test edildi. Bulgular: Toplanan 250 su örneğinin 12'sinde A. baumannii'ye karşı potansiyel litik etki gösteren faj bulunmuştur. Bunlardan A. baumannii'ye özgü en güçlü litik etki göstereni seçilerek ABO-Faj adı verilmiş ve karakterizasyonu gerçekleştirilmiştir. Transmisyon elektron mikroskobik incelemede bu fajın ikozahedral kapsid simetrisine sahip ve kuyruksuz bir yapıda olduğu görülmüştür. Fajın protein profili belirlenmiş ve nükleik asit dizisi veri tabanları ile karşılaştırıldığında "Acinotabacter phage WCHABP1" ile %95 homoloji gösterdiği belirlenmiştir. Sonuç: Bu çalışmada saptadığımız ABO-Fajının dirençli A. baumannii'ye karşı yüksek düzeyde etkili olduğu görülmüştür. Bakteriyofajların, böylesi enfeksiyonların tedavisi için bir tedavi alternatifi olabileceğine dair güçlü veriler elde edilmiş olup, yeni litik faj tiplerinin belirlenmesi için farklı habitatlarda kapsamlı çalışmalar yapılmasına gereksinim vardır.Öğe MALDI-TOF MS’nin EMB Agarda Üreyen Gram-negatif Bakterileri Tanımlama Performansı: Tanı Etkinliğini Arttıran Basit Bir Yöntem(2019) Yakupoğulları, Yusuf; Otlu, Barış; Çelik, Betül; Gözükara Bağ, HarikaÖz: Matrix Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS), bakteriyel ve fungal patojenleri doğru ve hızlı tanımlaması nedeniyle mikrobiyoloji laboratuvarlarında kullanımı artan yeni bir yöntemdir. Ancak, bu yöntemle yapılacak tanımlamalarda günümüze kadar tek bir gram-negatif seçici besiyerinin önerilmiş olması rutin klinik tanıda bazı sorunlara neden olmaktadır. EMB agar, yaygın olarak kullanılan geleneksel bir gram-negatif seçici besiyeri olmakla birlikte MALDI TOF MS’nin bu besiyerinde üreyen gram-negatif bakterileri tanımlama etkinliği hakkında bilimsel literatürde bilgi yoktur. Bu çalışmada, MALDI-TOF MS’nin EMB agarda üreyen gram-negatif bakterileri tanımlama performansının saptanması ve bu performansı arttırıcı basit ve hızlı bir örnek hazırlama yönteminin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Toplam 20 farklı cins ve 37 farklı türden olmak üzere 468 gram-negatif klinik izolat çalışmaya alınmıştır. İzolatların EMB agarda üreyen kolonileri hem direkt ve hem de iki aşamalı koloni yıkama işlemi (bir kez serum fizyolojik, üç kez %70 etanol ile yıkama) sonrasında Vitek MS (Bio Mérieux, Fransa) MALDI-TOF MS cihazı ile tanımlanmıştır. Her iki tanımlamaya ait veriler istatistiksel olarak karşılaştırılmıştır. EMB agar besiyerinden direkt okumada, çalışılan 468 izolatın 382’si (%81.6) tür düzeyinde doğru olarak tanımlanmıştır, 80 (%17) izolat tanımlanamamış ve 6 (%1.2) izolat (dördü cins düzeyinde) ise yanlış tanımlanmıştır. Direkt okumada MALDI-TOF MS’in tanı performansı Stenotrophomonas maltophilia, Klebsiella oxytoca, Salmonella spp. ve Proteus mirabilis’in de içinde bulunduğu 14 tür için mükemmel (%100) iken, en düşük tanı performansı Providencia spp. (%62.5), Escherichia coli (%70.5) ve Acinetobacter spp. (%70.7) için saptanmıştır. Ortalama 20 dakika süren ve basit laboratuvar malzemeleri ile gerçekleştirilebilen yıkama işlemi sonrası, 434 (%92.7) izolat tür düzeyinde doğru olarak tanımlanmıştır, 30 (%6.4) izolat tanımlanmamıştır ve 4 (%0.85) izolat (ikisi cins düzeyinde) ise yanlış tanımlanmıştır. İstatistiksel veri analizi, tanımladığımız koloni yıkama işleminin besiyerinden yoğun boya absorbe eden E.coli ve A.baumannii gibi türler başta olmak üzere EMB agarda üreyen gram-negatif bakterilerin MALDITOF MS ile tanımlama oranını toplamda anlamlı düzeyde arttırdığını göstermiştir (p= 0.001). Bu çalışmada, kütle spektrometrik tanımlamaya uygunluğu hakkında bu güne kadar veri bulunmayan EMB agarın, MALDI-TOF MS ile yapılacak bakteriyel tanımlamada kullanılabileceği ve EMB besiyerinden direkt okumada tanımlanamayan gram-negatif bakterilerin burada açıkladığımız koloni yıkama işlemi sonrasında tanımlanabilecekleri ortaya konulmuştur. Farklı besiyeri alternatiflerinin belirlenmesi, MALDI-TOF MS’nin mikrobiyoloji laboratuvarlarında daha etkin kullanımına katkı sağlayacaktır.
