Yazar "Güdücüoğlu, Hüseyin" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 6 / 6
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Candida albicans outbreak associated with total parenteral nutrition in the neonatal unit(Indian Journal of Medical Microbiology, 2016) Güdücüoğlu, Hüseyin; Gültepe, Bilge Sümbül; Otlu, Barış; Bektaş, Hava; Yıldırım, Özge; Tuncer, Oğuz; Berktaş, MustafaBackground: The most frequently isolated fungi in patients using TPN belongs to the Candida genus. Various infections including venous catheter infections, fungemia, endocarditis and ophthalmitis may be encountered. Objective: Upon growth of Candida in the blood cultures from the pediatric (neonatal) unit of our hospital, a surveillance was performed in this unit and involving the health care workers. Clonal relationships of the isolates were investigated with molecular tests. Methods: Blood samples obtained from the patients in pediatric neonatal unit were studied with automatized blood culture [BacT/Alert (Bio Mérioux, France)]. Yeast isolates from environmental surveillance cultures (TPN solutions, hands of healthcare personnel, étagère, etc) and patients were identified as C. albicans with conventional methods and ID 32 C and ATBTM Fungus 3 (Biomerieux, France) kits. Clonal similarity was determined by using AP-PCR as initial method and we have also typified all strains by the method of REP-PCR (diversilab system,bioMérieux). Finally; Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) was used for confirmation. Results: C. albicans was isolated in blood cultures of seven patients. Similar antifungal susceptibility patterns were observed in all isolates. AP-PCR and REP-PCR showed that the C. albicans isolates grown in the TPN solution and from the patients’ blood cultures were clonally same strains. PFGE analysis further confirmed this clonality. Conclusion: According to results of the molecular methods, we thought that a C. albicans outbreak had occurred in the neonatal pediatric unit, due to contamination of TPN solution.Öğe Çeşitli Klinik Örneklerden İzole Edilen Vankomisine Direçli Enterokok (VRE) Suşlarının Fenotipik ve Genotipik Değerlendirilmesi(2021) Bilen, Semra; Parlak, Mehmet; Yakupoğulları, Yusuf; Güdücüoğlu, Hüseyin; Bayram, Yasemin; Rağbetli, Cennet; Parlak, Arzu UyanıkAmaç: Enterokoklar, bircok antibiyotiğe doğal dirençli olmaları, özellikle glikopeptitlere (vankomisin, teikoplanin) karşı oluşturdukları kazanılmış direnç mekanizmaları nedeniyle dünya genelinde önemli mikroorganizma grubu içerisinde yer alır. Bu çalışmada, çeşitli klinik örneklerden elde edilen Vankomisine dirençli Enterokok suşlarında fenotipik olarak vankomisin ile teikoplanin direnci belirlenmiş ve moleküler yöntemlerle VanA, VanB ve VanC varlığı araştırılmıştır. Yöntem: 2015-2018 yılları arasında Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi, Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 30 adet Vankomisine dirençli Enterococcus ssp. suşu çalışmaya dâhil edilmiştir. Suşların identifikasyonu ve antibiyotik duyarlılık sonuçlarının belirlenmesi için MicroScan WalkAway 96 Plus (Beckman Coulter, ABD) otomatize sistem kullanılmıştır. Vankomisin ve teikoplanin direnci ayrıca gradient test yöntemi ile çalışılmıştır. Direnç genleri, uygun primerler kullanılarak in-house PCR yöntemi ile araştırılmıştır. PCR testleri İnönü Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Moleküler Laboratuvarı’nda yürütülmüştür. Bulgular: İdentifikasyon testleri sonucunda suşların 29’u Enterococcus faecium, bir tanesi Enterococcus faecalis olarak tanımlanmıştır. Otomatize identifikasyon sistemi ile suşların tümü vankomisin ve teikoplanine karşı dirençli bulunurken gradient test yöntemi izolatların üç tanesi her iki antibiyotiğe de duyarlı olarak bulunmuştur. Bu üç suşta VanA, VanB ve VanC genlerinin hiçbirisine rastlanmamıştır. Moleküler yöntemle 27 suşta VanA, bir suşta VanB geni saptanırken, hiçbir suşta VanC genine rastlanmamıştır. Enterokok izolatlarında glikopeptit direncinin belirlenmesinde gradient test yöntemi ile moleküler yöntemin %100 uyumlu olduğu görülmüştür. Sonuç: Gradient test yöntemi, klinik mikrobiyoloji laboratuvarında enterokok izolatlarının glikopeptit direncini saptamada güvenilir sonuç vermektedir.Öğe Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz (GSBL) Üreten Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae Suşlarının GSBL Genlerinin Araştırılması(Flora İnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Dergisi, 2018) Bektaş, Abdullah; Güdücüoğlu, Hüseyin; Gürsoy, Nafia Canan; Berktaş, Mustafa; Gültepe, Bilge Sümbül; Parlak, Mehmet; Otlu, Barış; Tekerekoğlu, Mehmet SaitÖz: Giriş: Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) üreten Enterobacteriaceae üyeleri tüm dünyada önemli bir sağlık sorunudur. Bu çalışmada yaklaşık dört yıllık süre içinde izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae suşlarında GSBL direnç genlerinin saptanması amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Ocak 2008-Ekim 2012 tarihleri arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen ve GSBL ürettiği saptanan 100 E. coli ve 100 K. pneumoniae suşu bu çalışmaya alınmıştır. Suşların tanımlanması klasik bakteriyolojik yöntemler ve BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD) otomatize tanımlama cihazı kullanılarak yapılmıştır. Suşların CTX-M, TEM, SHV, VEB, GES, PER ve OXA beta-laktamaz genleri polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile araştırılmıştır. Bulgular: K. pneumoniae suşlarının beta-laktamaz genleri sırasıyla; CTX-M %99, SHV %91, TEM %71, OXA-10 grup %10 ve OXA-2 grup %5 oranında bulunmuştur. E. coli suşlarında CTX-M %92, TEM %70, SHV %21 ve OXA-2 grup %3 oranında bulunmuştur. E. coli suşlarında GSBL direnç geni saptanan 98 suşta yalnız CTX-M %25.5 (25/98); sadece TEM pozitif olanlar %2 (2/98) ve sadece SHV pozitif olanlar %2 (2/98) olarak saptanmıştır. K. pneumoniae suşlarında ESBL direnç geni saptanan 100 suşta yalnız CTX-M %3 (3/100) oranında bulunmuştur. Diğer direnç genlerinin tek başına bulunduğu herhangi bir suş saptanmamıştır. Çalışmamızda taradığımız GES, VEB ve PER türü beta-laktamaz genleri ise hiçbir suşta saptanmıştır. Sonuç: Çalışmamızda, GSBL üreten suşlarda CTX-M yüksek oranda bulunmuştur. Bunun olası nedeninin CTX-M türü genlerin gösterdiği hızlı yayılım özelliği olduğu düşünülmüştür. GSBL genlerinin tanımlanması direnç epidemiyolojisinin ortaya konulması, uygun tedavi stratejilerinin geliştirilmesi ve önleyici tedbirlerin doğru planlanması açısından önemlidir.Öğe İntravitreal Enjeksiyon Sonrası Ortaya Çıkan Rhizobium radiobacter Salgınının Mikrobiyolojik Analizi(2020) Parlak, Mehmet; Batur, Mehmet; Ölmez, Serpil; Güdücüoğlu, Hüseyin; Otlu, BarışDoğada bulunan ve tümörijenik bitki hastalıklarına neden olan Rhizobium radiobacter, özellikle alttayatan hastalığı olan kişilerde fırsatçı enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Çalışmamızda Göz HastalıklarıKliniğinde intravitreal ranibizumab enjeksiyonu sonrasında R.radiobacter bakterisinin etken olduğu 10hastada ortaya çıkan endoftalmit olguları mikrobiyolojik açıdan irdelenmiştir. Van Yüzüncü Yıl ÜniversitesiTıp Fakültesi Göz Hastalıkları Kliniğinden Mikrobiyoloji Laboratuvarına 21.12.2016 tarihinde intravitrealranibizumab enjeksiyonu yapılmış olan 13 hastaya ait vitreus sıvısı örnekleri mikrobiyolojik açıdan incelenmesi amacıyla gönderilmiştir. Örnekler Gram boyama ile boyanıp mikroskop altında incelenmiş ve%5 koyun kanlı agar ile “Eosin Methylene Blue (EMB)” agara ekimi yapılmıştır. Besiyerleri %5 CO2’liortamda, 37°C’de 18-24 saat inkübasyona bırakılmış ve üreyen kolonilere katalaz, oksidaz ve üreaz testleri yapılmıştır. Vitreus sıvısı örneklerinde üreyen bakteriler BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD), Vitek 2Compact (BioMerieux, Fransa) ve Vitek MS (BioMerieux, Fransa) sistemleri ile tanımlanmış ve antibiyotikduyarlılık testleri yapılmıştır. Ayrıca izolatlara 16S rDNA dizi analizi yapılmış ve izolatlar arasındaki klonalilişkinin tespiti için “pulsed field gel electrophoresis (PFGE)” yöntemi uygulanmıştır. Kültürlerde üremesaptandıktan sonra (işlemden bir gün sonra) işlemin yapıldığı alanda bulunan eşyalardan, tıbbi alet vegereçlerden, sağlık çalışanlarının ellerinden ve yeni enjeksiyon çözeltisinden kültür örnekleri alınmıştır.On üç hastaya ait vitreus sıvısı örneklerinin 10’unun kültüründe R.radiobacter üremesi olurken 3'ündebakteri üremesi saptanmamıştır. Mikroskobik incelemede mikroorganizmanın gram-negatif basil olduğugörülmüş ve izolatların R.radiobacter ile uyumlu olarak, nonfermenter, hareketli, katalaz/oksidaz/üreazpozitif olduğu saptanmıştır. İzolatların tamamı, BD Phoenix (Becton Dickinson, ABD), Vitek 2 Compact (BioMerieux, Fransa) ve Vitek MS (BioMerieux, Fransa) (database v2.0) otomatize sistemlerinin 3'ü ile deR.radiobacter olarak tanımlanmıştır. R.radiobacter izolatları; ampisilin, amoksisilin-klavulonik asit, trimetoprim-sülfametoksazol, sefotaksim ve seftazidime dirençli; sefuroksim, sefepim, amikasin, gentamisin,imipenem, meropenem, siprofloksasin, levofloksasin, piperasilin-tazobaktama duyarlı bulunmuştur. 16SrDNA dizi analizi ile izolatlar R.radiobacter olarak tanımlanmıştır. PFGE sonucunda izolatların tamamınınaynı bant profiline sahip olduğu görülmüştür. Aynı bant profiline sahip R.radiobacter izolatları muhtemelolarak aynı kaynaktan bulaş olduğunu ortaya koymaktadır. Ancak işlemin yapıldığı alanda bulunan eşyalardan, tıbbi alet ve gereçlerden, sağlık personelinin ellerinden ve yeni enjeksiyon çözeltisinden yapılankültürlerde R.radiobacter üremesi saptanamamış ve etkenin kaynağı belirlenememiştir. Elde edilen sonuçlar, intravitreal enjeksiyon işleminin R.radiobacter enfeksiyonu açısından risk taşıdığını göstermektedir.Buna göre, işlemden önce ve işlem esnasında dezenfeksiyon ve antisepsi şartlarının sağlanması bu gibienfeksiyonların önlenmesi açısından önem taşımaktadır. Bu çalışma, R.radiobacter endoftalmitinde aynısuşun neden olduğu ilk epidemik salgın ve intravitreal enjeksiyon sonrası R.radiobacter’in etken olarakbildirildiği ikinci makaledir.Öğe Klebsiella pneumoniae Suşlarında OXA-48 ve Alt Türevlerinin Araştırılması ve Fenotipik Yansıma(2021) Parlak, Arzu Uyanık; Güdücüoğlu, Hüseyin; Parlak, Mehmet; Bayram, Yasemin; Otlu, BarışHastane enfeksiyonları içinde karbapenem dirençli Gram negatif bakterilerin etken olduğu enfeksiyonlarınsayısı giderek artmaktadır. Bu bakteriler genellikle diğer grup antibiyotiklere de dirençli olduklarından dolayısağlık için ciddi bir tehdit oluşturmaktadırlar. Çalışmada çeşitli klinik örneklerden izole edilen Klebsiella pneumoniae izolatlarında OXA-48 ve alt türevlerinde karbapenemaz direncinin fenotipik ve genotipik yöntemlerlebelirlenmesi ve direnç gözlenmeyen izolatlarda genotipik olarak OXA-48 gen bölgesinin var olup olmadığınınaraştırılması hedeflenmiştir.Çalışmaya Mart 2015-Mart 2016 yılları arasında polikliniklere başvuran veya çeşitli servis ve yoğun bakımünitelerinde tedavi gören hastalardan izole edilen 127 K.pneumoniae izolatı dâhil edilmiştir. BD Phoenix otomatize sistemiyle identifikasyonu ve antibiyogramı yapılan izolatların antibiyotiklere duyarlılıkları Kirby-Bauerdisk difüzyon yöntemiyle de tespit edilmiştir. OXA-48 tipi enzimlerin varlığını gösterdiği kabul edilen temosilindiski ile fenotipik olarak direnç varlığına bakılmıştır. Tüm izolatlarda “in-house” polimeraz zincir reaksiyonu(PZR) ile OXA-48 tipi enzimin varlığı araştırılmış ve pozitif saptanan izolatlara DNA dizi analizi yapılarak OXA48 varyant varlığına bakılmıştır.Karbapenem direnç oranı % 35 ve GSBL pozitifliği ise % 46 olarak tespit edilmiştir. Temosilin disk yöntemininK.pneumoniae suşlarında OXA-48 gen varlığını saptamadaki duyarlılığı % 88; özgüllüğü % 89 olarak bulunmuştur. OXA-48 varlığına bağlı gelişen karbapenem direncini saptamada duyarlılık ve özgüllük dengesi için eniyi karbapenemin ertapenem olduğu gözlenmiştir. Otomatize sistemle karbapenemlere dirençli olarak tespitedilen K.pneumoniae izolatlarında blaOXA-48 gen bölgesi varlığı % 80 bulunmuştur. OXA-48 pozitif olarak saptadığımız 42 izolatta yapılan DNA dizi analizi ile elde edilen tüm dizilerin OXA-48 olduğu ve diziler içinde varyantOXA-48 geni bulunmadığı tespit edilmiştir. Genotipik olarak OXA-48 gen bölgesine sahip üç izolatta direncinfenotipik olarak yansımasının doğrudan doğruya ortaya çıkmadığı gözlenmiştir.Karbapenemlere dirençli K.pneumoniae izolatlarındaki blaOXA-48 gen bölgesi varlığı yaygındır. Bunun yanındaOXA-48 gen bölgesine sahip bazı izolatlarda direncin fenotipik olarak yansımasının hemen ortaya çıkmamasınedeniyle tedaviye rağmen iyileşmeyen hastalarda bu tip izolatların olabileceği akılda tutulmalıdır.Öğe Six year distribution pattern of hepatitis C virus in Turkey a multicentre study(Biotechnology & Biotechnological Equipment, 2015) Altındiş, Mustafa; Dal, Tuba; Akyar, Işın; Karatuna, Onur; Gökahmetoğlu, Selma; Tezcan Ülger, Seda; Külah, Canan; Uzun, Berrin; Şener, Aslı Gamze; Özdemir, Mehmet; Aydoğan, Sibel; Kuşkucu, Mert Ahmet; Midilli, Kenan; Otlu, Barış; Celen, Mustafa Kemal; Buruk, Kurtuluş; Güdücüoğlu, HüseyinHepatitis C infection is a public health problem. The aim of this retrospective study was to determine the distribution of hepatitis C virus (HCV) genotypes in seven regions of Turkey, by evaluating 7002 patients with chronic HCV in a six-year period. During the 2009 2014 period, serum/plasma samples from 7002 new consecutive HCV RNA positive patients were collected. The female patients were 3867 (55.2%). The genotype distribution of HCV patiens was evaluated by ages and years. Statistical analysis was performed by using the Mann Whitney test and the x2 analysis. During the six-year period, genotype 1b was the most common genotype (67.7%) followed by untypeable genotype 1 (7.7%), genotype 4 (7.3%) and genotype 3 (6.7%). In 2014, genotype 3 was the second most common one (11.3%) and genotype 4 was the third most common one (9.8%). In the group with <25 years old patients, genotype 1b was most common (78.48%, 62/79) between the years of 2009 and 2011, whereas genotype 3 (34.8%, 86/247), between the years of 2012 and 2014. Genotype 1b was the most common in the groups between 26 and 35 years, 36 and 45 years, 46 and 55 years, 56 and 65 years. The rate of genotype 3 was increased from 4.78% to 10.06% and the rate of genotype 4 was increased from 1.3% to 3.84%, from 2009 2011 to 2012 2014. In recent years, genotypes 3 and 4 have gained importance. New therapeutic strategies and survey studies may be required for the modified HCV genotype pattern.
