Yazar "Kahraman, Hüseyin" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 9 / 9
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Analysis of Swimming, Swarming and Twitching Movements of Pseudomonas aeruginosa and its Recombinant Strain(2021) Kahraman, Hüseyin; Özcan, DuyguPseudomonas aeruginosa has several flagella at a single pole. Flagella helps bacteria to settle in solid food. They also perform the swimming movement, which is the movement in the liquid medium, with flagella. In the study, P. aeruginosa ATCC 10145 (NRRL B-771) and recombinant P. aeruginosa integrated into the chromosome of this bacterium by homologous recombination as a single copy vgb was used. While not observed, it was observed that its recombinant strain also had a pronounced movement of about 2-9 mm. While wild bacteria showed a twitching motion of about 0.2 mm, recombinant bacteria showed a tremor movement of 0.4-0.5 mm. While a small amount of significant swimming movement of approximately 0.2 mm was observed in wild bacteria, it was observed that there was a much more pronounced movement of 1.1-2.2 mm in recombinant bacteria. When the sliding motion was examined at the end of the 24-hour period, it was concluded that there was an obvious movement up to 30 times compared to the wild type of the recombinant strain. When the bacteria were examined in terms of the tremor action, it was found that the recombinant strain showed about 2.5 times more shivering movement than the wild type at the end of the 24-hour period. When the bacteria were observed in terms of the swimming test, it was observed that the recombinant strain made approximately 10 times more swimming movements than the wild type at the end of the 24-hour period.Öğe Angiotensin IItip1 reseptörü DNA'sının restriksiyon enzimleri ile haritalanması(İnönü Üniversitesi, 1997) Kahraman, HüseyinAng II, periferal renin angiotensin sisteminin (R.A.S) aktif oktapepticii olup; kan basıncı ayarlanmasında, vücuttaki su ve tuz metabolizmasında etkilidir. Beyinde ise otokrin olarak R.A.S. sisteminin varlığı gösterilmiş olup (32) etkisinide beyinin belirli bölgelerine yerleşmiş özel reseptörlerle gösterdiği ispatlanmıştır (33). Ang II reseptörleri, AT 1 ve AT 2 olarak sınıflandırılmıştır (9). AT l'in Ang H'nin bütün faaliyetlerini göstermede etkili reseptör tipi olduğu kabul edilir. Yapılan bu çalışmada kullanılan materyal ise Dr. Akbaşak'ın çalışmalarından elde edilen Ang II reseptörü ATlX'in rekombinant klonlandır. Şöyleki, beyin Ang II reseptörünü kodlayan bölgesini taşıyan pGEM 7Zf(-) plasmid vektörüne klonlanmış olan P-15 rekombinant klonuna benzeyen Ang II tip 1 reseptör cDNA klonlan ve periferik Ang E tip 1 reseptör cDNA klonu P-59'dan farklı Ang II tip 1 reseptör cDNA klonlan tespit edildi. Bu klonlardan Ang II tip 1 reseptörlerinden beyin'e özgün olan yeni bir tipi AT 1 X olarak isimlendirilmiştir ( Dr. Akbaşak tarafından). Özgün AT 1 X beyin reseptör sekansları içermekte olan P-15 rekombinant klonun sekans analizi ile farklılığı aynı yönterrier ile elde edilen fakat periferik Ang II AT 1 A reseptör sekansı taşıyan P-59 rekombinant klomından farklıdır. Bu çalışmada, P-15 rekombinant klonun özelliklerini taşıyan fakat bütün Ang II tip 1 reseptör cDNA'sını kodlayan kontrol bölgelerini içeren sıçan hipotalamik cDNA kütphanesinde izole edilen 8 tam boy 3.2 kb'lık rekombinant klonu restriksiyon enzimleri ile analiz edilmiştir. İçlerinden 46- A ve 51- A klonlarının Ang II tip 1 beyine özgün AT1X sekanslarını kodlayan ve kontrol bölgelerini içeren klon olduğu saptanmıştır. Sekans analizi ile bu bulgu kontrol edilecektir.Öğe Bakteriyel hemoglobin geni klonlanmış Pseudomonas sp.'lerinin çeşitli zararlı aromatik madde yıkım potansiyellerinin araştırılması(İnönü Üniversitesi, 2004) Kahraman, HüseyinÖZET Doktora Tezi BAKTERİYEL HEMOGLOBİN GENİ KLONLANMIŞ Pseudomonas sp.'LERİNİN ÇEŞİTLİ ZARARLI AROMATİK MADDE YIKIM POTANSİYELLERİNİN ARAŞTIRILMASI Hüseyin Kahraman İnönü Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı 100 + xii sayfa 2004 Danışman: Yrd. Doç. Dr. Hikmet Geçkil Bu tezde, Pseudomomas aeruginosa ile onun Vitreoscilla hemoglobin geni klonlanmış rekombinant susunun önemli endüstriyel aromatik kirleticilerden olan toluen, benzoik asit, 1C1 2,4- Dinitrobenzen, ksilen ve benzen yıkımı çalışılmıştır. Pseudomonas aeruginosa ve çeşitli suşlan gen transferi, ekspresyonu gibi çalışmalarda oldukça yaygın olarak kullanılan ve canlılar için çoğu zaman zararlı ve canlılar tarafından yapılmayan birçok heterohalkasal bileşikleri doğal olarak yıkma kabiliyeti ve yüksek solvent direnci ile bilinmektedir. Bu çalışmada Vitreoscilla sp.'den elde edilen bakteriyel hemoglobin (vgb) geni kopyalanmış rekombinant suş ve onun konakçısı yabanıl tip Pseudomonas aeruginosa 'nın solvent yıkma kapasiteleri ayrıntılı olarak incelenmiştir. Rekombinant suş vgb'yi tek kopya halinde (homolog rekombinasyon ile) taşımaktadır. Bakteri hemoglobin geninin bu yeni konakçıdaki hemoglobin proteini (VHb) sentezleme düzeyi, bakterilerin biyokimyasal ve fizyolojik karakteristikleri üzerine yaptığı etki ve bu etkilerin muhtemel uygulamaları çalışılmıştır. ANAHTAR KELİMELER: Pseudomonas aeruginosa, Vitreoscilla hemoglobini, Bakteriyel hemoglobin, Aromatik hidrokarbonlar, BTEXÖğe Benzoik asidin Vitreoscilla hemoglobin geni aktarılmış Pseudomonas aeruginosa tarafından yıkımı(Fırat Üniversitesi Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisi, 2005) Kahraman, Hüseyin; Geckil, HikmetÖz: Bu çalışmada, Pseudomomas aeruginosa ile onun Vitreoscilla hemoglobin geni klonlanmış rekombinant susunun önemli. endüstriyel aromatik kirleticilerden birisi olan benzoik asit yıkım yetenekleri araştırılmıştır. Pseudomonas aeruginosa ve çeşitli suşları gen transferi ve ekspresyonu gibi çalışmalarda oldukça yaygın olarak kullanılmaktadır. Bu bakterilerin, çoğu canlılar için zararlı olan birçok heterohalkasal aromatik bileşikleri doğal olarak yıkma potansiyeline sahip olmaları, onlara olan ilgiyi arttırmıştır. Bu çalışmada Vitreoscilla sp.'den elde edilen bakteriyel hemoglobin (VHb) geni (vgb) klonlanmış rekombinant bir suş (PaJC) kullanılarak, iyi bir oksijen alım sistemi olan VHb'nin bu rekombinantm benzoik asiti yıkma potansiyeline etkisi yabanıl tip konakçı bakteri ile karşılaştırmalı biçimde çalışılmıştır. Başlık (İngilizce): Degradation of benzoic acid by Pseudomonas aeruginosa engineered with Vitreoscilla hemoglobin gene Öz (İngilizce): This study is concerned with the potential use of Pseudomomas aeruginosa and its recombinant strain carrying Vitreoscilla hemoglobin gene for degradation of an important harmful aromatic compound, the benzoic acid. Pseudomonas aeruginosa and its various strains are widely known for their ease of use characteristics allowing gene transfer and expression. Moreover, a great deal of interest was paid when it was discovered that these bacteria could be utilized for the degradation of many heterocychc aromatic compounds. In this study, a recombinant strain (PaJC) of P. aeruginosa cloned with bacterial hemoglobin (VHb) gene (vgb) from Vitreoscilla sp. was studied in comparison to the wild-type host strain for its benzoic acid degradation potential.Öğe Effect of Iron on Some Parameters Recombinant Pseudomonas aeruginosa Carrying Vitreoscilla Hemoglobin Gene(2022) Kahraman, HüseyinIn this study, the effects of iron presence on some bacterial parameters of Pseudomonas aeruginosa and its recombinant bacteria carrying Vitreoscilla hemoglobin on its chromosome were investigated for the first time. These parameters are; optical density, pH, glucose, trehalose production and biomass. Parameters; It was studied at 37 °C and 250 rpm ventilated conditions depending on time. Bacteria have developed mechanisms by which they can resist heavy metal stress with many other mechanisms, including making metals less toxic and excreting them out of the cell. The Efflux system is the most widely used mechanism. The bacterium that makes the best use of these mechanisms is P. aeruginosa, which has an environmental and versatile feature. In the presence of LB alone, an increase was observed in the first 48 hours and a decrease of 43% in the other time periods, especially in the 96th hour compared to the control. The highest increase was detected in the 48th time periods, up to 259% in the 3,32. When iron was added to the medium, significant increases were observed in all time periods compared to the controls and these increases reached 575% at 72 hours. In the same time periods, the maximum value of OD600 4.55 was reached.Öğe Investigation of Arginine Deiminase Activity in Bacillus cereus and Ralstonia eutropha Under Minimal Conditions(2023) Karaderi, Cennet Canan; Kahraman, HüseyinProkaryotes form an important part of our lives. These microorganisms, which we can not see with the naked eye, are used in medicine, biotechnology, microbiology and many other fields. They can produce many anti-cancer enzymes (Arginine deiminase, Asparaginase, Methionine gamma lyase etc.). In this study, an important bacterial anti-tumor enzyme of B. cereus and R. eutropha in the presence of different minimal sources (Dextrose, Fructose, Glucose, Xylose, Maltose, Nutrient Broth, Rhamnose, Ribose, Sucrose) under static and shaking (150 rpm) conditions. Arginine deiminase activity was searched. In accordance with results of our study, these microorganisms showed the highest ADI activity in the disaccharide medium, maltose and sucrose, and in the aldose group, in the ribose medium. It has been shown that this enzyme, which is used in cancer treatment, can be produced more cheaply and easily in minimal environments.Öğe NiTiNbX ( X=Ta ve V) Biyouyumlu Şekil Hatırlamalı Alaşımların Yapay Vücut Sıvısı İçerisinde Hücre Kültür Testi ve Bakteri Üreme Değerlendirilmesi(2022) Balcı, Esra; Kahraman, Hüseyin; Dağdelen, Fethi; Karaderi, Cennet CananBu çalışmada eş atomlu NiTi ve Ni27Ti50Nb23 üçlü alaşıma farklı oranlarda Ta ve V elementi katkılanarak dörtlü biyouyumlu şekil hatırlamalı alaşım (BŞHA) üretildi. Hazırlanan alaşımlar; Ni50Ti50 (EB1), Ni27Ti50Nb23 (EB2), Ni27Ti50Nb22Ta1 (E1), Ni27Ti50Nb20Ta3 (E3), Ni27Ti50Nb18Ta5 (E5), Ni27Ti50Nb22V1 (B1), Ni27Ti50Nb21V2 (B2) ve Ni27Ti50Nb18V5 (B5) şeklinde kodlandı. Daha sonra BŞHA’lar düzenli ve eş boyutta olmak üzere kesildi ve sterilizasyon işlemlerinden geçirildi. Hazırlanan alaşımların temas halinde bulunmuş olduğu yapay vücut sıvısı (SBF) laboratuvar ortamında hazırlandı ve in-vitro çalışmalarda kullanıldı. Bu çalışmada kapalı inkübatör sistemi tercih edilmiştir ve patojen bir bakteri olan Pseudomonas aeruginosa (ATCC 27853) suşu kullanılmıştır. Bakteri üretimi için, Nutrient agar besiyeri hazırlandı. Kontrol (yapay vücut sıvısı) ile numunelerin temas ettiği yapay vücut sıvısı içerisinde üreyen bakteri hücre yoğunluğu; her bir alaşım için spektrofotometre (OD600) kullanılarak belirlendi. Diğer aşamada ise; katı besi yeri içeren petri kaplarına, sıvı kültüründen (Pseudomonas aeruginosa içeren SBF) her bir alaşım için yayma yöntemi ile bakteri ekimi gerçekleştirildi. Bu süre sonunda, ultraviyole (UV) lambası ile üreyen bakteri kolonileri gözlemlendi. Biyouyumluluk derecesi incelenmesi için yapılan hücre kültür testi sonuçlarına göre değerlendirildi. Ta elementi ile katkılanmış NiTiNbTa BŞHA’ların hücre yoğunluk değerleri kontrol (SBF)’ ye göre daha düşük değerlerde olduğu gözlendi. Ayrıca, NiTiNbV BŞHA’da vanadyum elementi katkısının artması ile hazırlanan alaşımlarda çok daha düşük değerler tespit edilmiştir. Elde edilen bakteriler üreme testlerine göre, Ta elementi katkılı ortamlarda diğerlerine göre daha az bakteri kolonisi görüldüğü için NiTi alaşımlarda, Ta elementinin biyouyumluluğu arttırdığı söylenebilir.Öğe Vitreoscilla Hemoglobin Geni (vgb) Taşıyan İki Farklı Plazmidin Citrobacter freundii’nin ATP Üretimi ve Oksijen Alınımına Etkileri(Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisi, 2017) Kahraman, Hüseyin; Kurt, Aslı GirayÖz: Bu çalışmada, ATP üretimi, oksijen alımı ve hücre kütlesi üretimi üzerinde yeniden birleştirici oksijen alımı sisteminin kullanılması araştırılmıştır. Citrobacter freundii ve onun vgb rekombinantları kullanılmıştır. Citrobacter freundii de geniş bir konakçı aralığında çalışan plazmitler Cf [PMK'yi 79] ve Cf [pUC8: 15] kullanılmıştır. En İyi ATP üretimi Cf [PMK 79] (0,17 mg/ g). Cf [pMK79] oksijen alımının seviyesi, Cf[pUC8: 15] daha yüksektir. Oysa Cf [pMK79]'un OD600 değerleri 48 saat sonunda düşmektedir. Başlık (İngilizce): Effects of Citrobacter freundii ATP Production and Oxygen Intake Two Different Plasmids Carrying the Vitreoscilla Hemoglobin Gene (vgb) Öz (İngilizce): In this study, the use of recombinant oxygen uptake system on production of ATPproduction, oxygen uptake and cell mass was investigated. Citrobacter freundii and their vgb recombinants were used. Citrobacter freundii, a broad host range plasmids Cf[pMK 79] and Cf[pUC 8: 15] was used. Best ATP production by Cf[pMK 79] (0.17 mg/g). Cf[pMK 79] strain the level of oxygene uptake was higher than Cf[pUC 8: 15].Whereas Cf[pMK 79] the OD600 values have been falling at the end of 48 hours.Öğe Vitreoscilla hemoglobin geni klonlanmış Enterobacter aerogenes: Bazı endüstriyel uygulamalar(2005) Kahraman, Hüseyin; Ateş, Canan Nafia; Erenler, Şebnem Özalp; Aydın, Süleyman; Geckil, Hikmet; Gencer, SalihEnterobacter aerogenes, hipoksik ortamlarda karbohidrat kaynaklarını bütandiol fermantasyonu yolu ile metabolize eder ve endüstride önemi olan iki çeşit ürün, asetoin ve bütandiol, oluşur. Bu ürünler petrokimya sanayiinden, kozmetik sanayiine önemli uygulama alanlarına sahiptir. Ancak, böyle bir ortamda oksijen seviyesinin daha ileri derecede düşmesi ve ayrıca ortamın asiditesinin artması bakterinin çoğalmasını engellemekte ve dolayısı ile de ürün oluşumunu önemli ölçüde baskılamaktadır. Böyle bir sistemde hem oksijeni daha etkin kullanmaya olanak sağlayan ve hem de ortam pH değişimlerine karşı bir tampon gibi görev yapan VitreosciUa hemoglobinin kullanılması önemli avantaj sağlayabilir. Bu çalışmada oksijeni belli kritik seviyelerde tamponlama özelliği ile bilinen VitreosciUa hemoglobininin yukarıdaki iki çeşit solventin üretimine etkisi araştırılmıştır. Ayrıca, bakterilerin çoğalma karakteristikleri, oksijen alım yetenekleri ve asit üretimleri araştırılmıştır. Asetoin ve bütandiol üretimi suşlarm hepsi için zaman bağlı olarak artış göstermiştir. Kültürün ilk evrelerinde (24 ve 48. saatler) suşlar arasında büyüme benzerlikleri onların asetoin ve bütandiol üretimlerinde de benzerlikle kendini gösterirken, daha ileriki fazlarda (72 ve 96. saatler) VHb eksparsyonu yapan susun (Ea[pUC8:15]) bu proteini içermeyen suşlara (Ea ve Ea[pUC8]) göre oldukça önemli (% 50'ye varan) miktarda daha fazla solvent ürettiği belirlenmiştir. Bu fark VHb eksprasyonu yapan susun bu solventleri içeren kaotik bir ortamda diğer iki susa göre daha uzun canlı kalması ile ilişkilendirilebilir. Oksijen alım özellikleri karşılaştırıldığında, Ea[pUC8:15], ana konakçı (Ea) ve komplementer bir plazmid taşıyan fakat VHb eksprasyonu yapmayan susa (Ea[pUC8]) göre önemli derecede yüksek oksijen alımı göstermiştir. Tüm suşlarda en yüksek oksijen alımının erken loagritmik fazda (6. saat) olduğu ve geç logaritmik faza doğru (9. ve 12. saatler) önemli düşüş gösterdiği gözlenmiştir.
