Yazar "Sipahioğlu, Hikmet Murat" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 3 / 3
  • Küçük Resim
    Öğe
    Hıyar (Cucumis sativus L.) Bitkisinde Aynı Simptomatolojiye Sahip İki Farklı Fitoplazma etmeninin 16S rDNA'sının RFLP ve Nükleotid Dizi Analizleri ile Teşhisi ve Karakterizasyonu
    (2017) Usta, Mustafa; Güller, Abdullah; Sipahioğlu, Hikmet Murat
    Öz: Van ilinde yetiştiriciliği yapılan hıyarlarda (Cucumis sativus L.) fitoplazma benzeri belirtiler görülmüştür. Gözlenen en önemli belirtiler arasında şiddetli cüceleşme, cadı süpürgesi görünümü, rozetleme ve küçük yapraklılık yer almaktadır. Toplanan 8 hıyar örneğine R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primer çiftleri ile uygulanan Nested-PCR testi uygulanmıştır. Belirti gösteren ve göstermeyen hıyar yapraklarından izole edilen genomik DNA'ların kullanıldığı PCR reaksiyonunda fitoplazma etmenlerine ait 16S rDNA fragmentleri çoğaltılmış ve test edilen sekiz örneğin dördünde 1.25 kb uzunluğunda DNA fragmentleri elde edilmiştir. Beklenen band büyüklüğünü veren örneklerden rastgele seçilen iki örnek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA'sı çift yönlü olarak dizilenmiş ve 16S rDNA dizisinin BLAST ve RFLP analizleri yapılmıştır. Şiddetli fitoplazma belirtisi gösteren hıyar numunelerinin birinde 'Candidatus Phytoplasma solani' (benzerlik katsayısı 1.00) (GenBank erişim no: KX977570), diğerinde ise 'Candidatus Phytoplasma trifolii' (benzerlik katsayısı 0.98) (GenBank erişim no: KR080212) saptanmıştır. İzolatlardan birincisine'Van-solani' diğerine ise 'Vantrifolii' izolatı isimleri verilmiştir. İki farklı fitoplazma etmeninin oluşturduğu belirtiler arasında bir fark gözlenmemiştir. Yazarların bilgisine göre, Türkiye'de hıyarları doğal olarak enfekte eden "Ca. P. solani" ve "Ca. P. trifolii" fitoplazma etmenleri ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Patates ekiliş alanlarında Patates Y Virüsü (PVY) ırklarının tespiti ve mücadele yönetimine esas olacak verilerin belirlenmesi
    (2016) Güner, Üftade; Güz, Nurper; Elibüyük, Emine Arzu; Özdemir, Işıl; Sipahioğlu, Hikmet Murat; Erilmez, Serpil
    PVY ırklarının patates bitkisinde, yaprakbitlerinde, yabancı otlarda ve yumrulardaki yaygınlıgı serolojik ve moleküler testlerle arastırılmıstır. Bu amaçla 2014-2015 yılları arasında Nigde,Nevsehir,Afyon, Bolu, Konya, Sivas, Kayseri illerinde yapılan sürvey çalısmalarında 990 patates, 90 yabancı ot ve yaprakbiti örnegi alınmıstır. ELISA sonuçlarında, yörede en yaygın PVY-O+C oldugu, bunu PVY-N?nin saptanmıstır.Toplam 98 örnekte PVY-N+PVYO+ C?den olusan karısık enfeksiyon tespit edilmistir. Yaprak örneklerinin 568 adedi Multipleks RT-PCR yöntemi ile testlenmistir. Moleküler test sonuçlarına göre 173 yaprak örneginde (%30.4) virüsün N:O ırkı, 98?inde (%17.2) ise NTN ırkı saptanmıstır. Toplam 63 örnekte ise (%11) virüsün her iki ırkının karısık infeksiyon halinde (PVYNTN+N:O) oldugu saptanmıstır. Elde edilen moleküler bulgular ısıgında ülkemizdeki patates ekilis alanlarındaki en yaygın PVY ırkının N:O ırkı oldugunu saptanmıstır. Sürveylerde toplanan ve teshisi yapılan yaprakbitlerinden Myzus persicae?da PVYO+NTN ırkı, Macrosiphum euphorbiae?da PVYNTN ırkı, Aphis nasturtii?de PVYNTN ve PVYNTN+-N:O ırkı tespit edilmistir. Patates tarlaları ile tarla çevresinden toplanarak teshisleri yapılan yabancı otlardan Chenopodium murale L. ve Polygonum aviculare L.?de virüsün PVYNTN ırkı tespit edilmistir. Multipleks RTPCR testinde PVY?nün ırkları açısından pozitif sonuç veren bazı örnekler dizilenmis ve filogenetik analizleri gerçeklestirilmistir. Elde edilen DNA dizileri (NCBI) (www.ncbi.nih.gov/BLAST) web sitesinde yer alan dünyadaki diger PVY dizileri ile karsılastırıldıgında benzerlik oranının %95?in üzerinde oldugu saptanmıstır
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Survey for Grapevine leafroll viruses (GLRaVs) in Malatya region
    (2018) Oksal, Hatice Diğdem; Yağcıoğlu, Songül Aydın; Sipahioğlu, Hikmet Murat
    Grapevine (Vitis vinifera L.) is one of the most important fruit crops in Turkeyand viral diseases are one of the main problems of grapevine production. Theydecrease yield quantity and quality of crops as well as cause death of the plantsin an interaction with other agents. Leafroll disease of grapevine, caused by acomplex of viruses, is considered a serious threat to production across manygrapevine growing regions in Turkey. This study was conducted to determinethe current status of Grapevine leafroll-associated viruses (GLRaVs) in Malatyaprovince. Grapevine plantations in Malatya province were surveyed for thepresence of Grapevine leafroll-associated viruses (GLRaVs) -1, -2, -3, -4 and -6.Purposive sampling was done in vineyards of Arapgir, Darende and Battalgazidistricts, which are the primary grapevine producing areas of Malatya during2016-2017 growing seasons. A total of 241 samples were collected and tested byDAS-ELISA. Samples giving two fold of absorbance values (405 nm) of negativecontrol were evaluated as positive. According to the results, 131 samples werefound to be infected with GLRaV-1, whereas 48 samples with GLRaV-3 and -4samples with GLRaV-4. None of the samples were reacted as positive againstGLRaV-2 and GLRaV-6. Forty five samples were found to be infected with mixinfection of GLRaV-1 and -3, and three samples were found to be infected withGLRaV-1 and -4 strain 6.