Hıyar (Cucumis sativus L.) Bitkisinde Aynı Simptomatolojiye Sahip İki Farklı Fitoplazma etmeninin 16S rDNA'sının RFLP ve Nükleotid Dizi Analizleri ile Teşhisi ve Karakterizasyonu
Yükleniyor...
Tarih
2017
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Öz: Van ilinde yetiştiriciliği yapılan hıyarlarda (Cucumis sativus L.) fitoplazma benzeri belirtiler görülmüştür. Gözlenen en önemli belirtiler arasında şiddetli cüceleşme, cadı süpürgesi görünümü, rozetleme ve küçük yapraklılık yer almaktadır. Toplanan 8 hıyar örneğine R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primer çiftleri ile uygulanan Nested-PCR testi uygulanmıştır. Belirti gösteren ve göstermeyen hıyar yapraklarından izole edilen genomik DNA'ların kullanıldığı PCR reaksiyonunda fitoplazma etmenlerine ait 16S rDNA fragmentleri çoğaltılmış ve test edilen sekiz örneğin dördünde 1.25 kb uzunluğunda DNA fragmentleri elde edilmiştir. Beklenen band büyüklüğünü veren örneklerden rastgele seçilen iki örnek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA'sı çift yönlü olarak dizilenmiş ve 16S rDNA dizisinin BLAST ve RFLP analizleri yapılmıştır. Şiddetli fitoplazma belirtisi gösteren hıyar numunelerinin birinde 'Candidatus Phytoplasma solani' (benzerlik katsayısı 1.00) (GenBank erişim no: KX977570), diğerinde ise 'Candidatus Phytoplasma trifolii' (benzerlik katsayısı 0.98) (GenBank erişim no: KR080212) saptanmıştır. İzolatlardan birincisine'Van-solani' diğerine ise 'Vantrifolii' izolatı isimleri verilmiştir. İki farklı fitoplazma etmeninin oluşturduğu belirtiler arasında bir fark gözlenmemiştir. Yazarların bilgisine göre, Türkiye'de hıyarları doğal olarak enfekte eden "Ca. P. solani" ve "Ca. P. trifolii" fitoplazma etmenleri ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir
Öz: Van ilinde yetiştiriciliği yapılan hıyarlarda (Cucumis sativus L.) fitoplazma benzeri belirtiler görülmüştür. Gözlenen en önemli belirtiler arasında şiddetli cüceleşme, cadı süpürgesi görünümü, rozetleme ve küçük yapraklılık yer almaktadır. Toplanan 8 hıyar örneğine R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primer çiftleri ile uygulanan Nested-PCR testi uygulanmıştır. Belirti gösteren ve göstermeyen hıyar yapraklarından izole edilen genomik DNA'ların kullanıldığı PCR reaksiyonunda fitoplazma etmenlerine ait 16S rDNA fragmentleri çoğaltılmış ve test edilen sekiz örneğin dördünde 1.25 kb uzunluğunda DNA fragmentleri elde edilmiştir. Beklenen band büyüklüğünü veren örneklerden rastgele seçilen iki örnek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA'sı çift yönlü olarak dizilenmiş ve 16S rDNA dizisinin BLAST ve RFLP analizleri yapılmıştır. Şiddetli fitoplazma belirtisi gösteren hıyar numunelerinin birinde 'Candidatus Phytoplasma solani' (benzerlik katsayısı 1.00) (GenBank erişim no: KX977570), diğerinde ise 'Candidatus Phytoplasma trifolii' (benzerlik katsayısı 0.98) (GenBank erişim no: KR080212) saptanmıştır. İzolatlardan birincisine'Van-solani' diğerine ise 'Vantrifolii' izolatı isimleri verilmiştir. İki farklı fitoplazma etmeninin oluşturduğu belirtiler arasında bir fark gözlenmemiştir. Yazarların bilgisine göre, Türkiye'de hıyarları doğal olarak enfekte eden "Ca. P. solani" ve "Ca. P. trifolii" fitoplazma etmenleri ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir
Öz: Van ilinde yetiştiriciliği yapılan hıyarlarda (Cucumis sativus L.) fitoplazma benzeri belirtiler görülmüştür. Gözlenen en önemli belirtiler arasında şiddetli cüceleşme, cadı süpürgesi görünümü, rozetleme ve küçük yapraklılık yer almaktadır. Toplanan 8 hıyar örneğine R16mF2/R16mR1 ve R16F2n/R16R2 primer çiftleri ile uygulanan Nested-PCR testi uygulanmıştır. Belirti gösteren ve göstermeyen hıyar yapraklarından izole edilen genomik DNA'ların kullanıldığı PCR reaksiyonunda fitoplazma etmenlerine ait 16S rDNA fragmentleri çoğaltılmış ve test edilen sekiz örneğin dördünde 1.25 kb uzunluğunda DNA fragmentleri elde edilmiştir. Beklenen band büyüklüğünü veren örneklerden rastgele seçilen iki örnek uygun bir plasmid vektörde klonlanmıştır. Saflaştırılan rekombinant plasmid DNA'sı çift yönlü olarak dizilenmiş ve 16S rDNA dizisinin BLAST ve RFLP analizleri yapılmıştır. Şiddetli fitoplazma belirtisi gösteren hıyar numunelerinin birinde 'Candidatus Phytoplasma solani' (benzerlik katsayısı 1.00) (GenBank erişim no: KX977570), diğerinde ise 'Candidatus Phytoplasma trifolii' (benzerlik katsayısı 0.98) (GenBank erişim no: KR080212) saptanmıştır. İzolatlardan birincisine'Van-solani' diğerine ise 'Vantrifolii' izolatı isimleri verilmiştir. İki farklı fitoplazma etmeninin oluşturduğu belirtiler arasında bir fark gözlenmemiştir. Yazarların bilgisine göre, Türkiye'de hıyarları doğal olarak enfekte eden "Ca. P. solani" ve "Ca. P. trifolii" fitoplazma etmenleri ilk defa bu çalışma ile rapor edilmiştir
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
27
Sayı
3
Künye
USTA M,GÜLLER A,SİPAHİOĞLU H. M (2017). Hıyar (Cucumis sativus L.) Bitkisinde Aynı Simptomatolojiye Sahip İki Farklı Fitoplazma etmeninin 16S rDNA'sının RFLP ve Nükleotid Dizi Analizleri ile Teşhisi ve Karakterizasyonu. Yüzüncü Yıl Üniversitesi Tarım Bilimleri Dergisi, 27(3), 299 - 308.
