Phylogenetic analysis for endemic Fritillaria baskilensis Behçet (Liliaceae): Evidence from cpDNA “trn” sequences
Yükleniyor...
Tarih
2021
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Fritillaria baskilensis Behçet., which was first collected from Elazig - Baskil district in 1998 and introduced to the scientific world as a new species, is one of Turkey's endemic inverted tulip species. This study aims to determine the systematic relationships between Fritillaria baskilensis and other Fritillaria species using molecular techniques. Also; As a result of this study, we tried to determine for the first time in which subgenus the endemic species in question will take place. After the DNA isolation with the CTAB method, the trnT-trnL3' region of 5 samples was amplified by using trna and trnd primers, and a total of 27 Fritillaria species were analyzed together with 2 outgroups in the MEGA program, together with other sequence information obtained from NCBI. While our analyzes are consistent with the literature, the fact that Fritillaria baskilensis is in the same branch as members of the subgenus Fritillaria suggests that F. baskilensis is included in this subgenus. This study is very important as it is the first molecular-based study using sequence information from Fritillaria baskilensis populations, and the new “trn” gene region haplotypes of the mentioned species were determined by us for the first time and added to the GenBank database
İlk defa 1998 yılında Elazığ’ın Baskil ilçesinden toplanan ve bilim dünyasına yeni tür olarak kazandırılan Fritillaria baskilensis Behçet Türkiye’nin endemik ters lale türlerinden biridir. Bu çalışmanın amacı Fritillaria baskilensis’ in diğer Fritillaria türleri ile aralarındaki sistematik ilişkilerin moleküler teknikler kullanarak belirlenmesidir. Ayrıca; söz konusu endemik türün hangi altcinste yer alacağı da bu çalışmanın sonucu olarak ilk defa tarafımızca tespit edilmeye çalışılmıştır. CTAB metodu ile manuel olarak gerçekleştirilen DNA izolasyonu sonrası trna ve trnd primerleri kullanılarak 5 örneğe ait trnT-trnL3’ bölgesi çoğaltılmış, NCBI’ dan elde edilen diğer sekans bilgileri ile birlikte toplam 27 Fritillaria türü 2 dış grup ile birlikte MEGA programında analiz edilmiştir. Analizlerimiz literatürle uyumluluk gösterirken, F. baskilensis’ in Fritillaria altcinsi üyeleri ile aynı kolda yer alması F. baskilensis’in bu altcinste yer aldığı fikrini düşündürmektedir. Bu çalışma F. baskilensis populasyonlarına ait sekans bilgileri kullanılarak yapılmış ilk moleküler tabanlı çalışma olması açısından oldukça önemlidir ve sözkonusu türe ait yeni “trn” gen bölgesi haplotipleri ilk defa tarafımızca tespit edilerek GenBank veritabanına kazandırılmıştır.
İlk defa 1998 yılında Elazığ’ın Baskil ilçesinden toplanan ve bilim dünyasına yeni tür olarak kazandırılan Fritillaria baskilensis Behçet Türkiye’nin endemik ters lale türlerinden biridir. Bu çalışmanın amacı Fritillaria baskilensis’ in diğer Fritillaria türleri ile aralarındaki sistematik ilişkilerin moleküler teknikler kullanarak belirlenmesidir. Ayrıca; söz konusu endemik türün hangi altcinste yer alacağı da bu çalışmanın sonucu olarak ilk defa tarafımızca tespit edilmeye çalışılmıştır. CTAB metodu ile manuel olarak gerçekleştirilen DNA izolasyonu sonrası trna ve trnd primerleri kullanılarak 5 örneğe ait trnT-trnL3’ bölgesi çoğaltılmış, NCBI’ dan elde edilen diğer sekans bilgileri ile birlikte toplam 27 Fritillaria türü 2 dış grup ile birlikte MEGA programında analiz edilmiştir. Analizlerimiz literatürle uyumluluk gösterirken, F. baskilensis’ in Fritillaria altcinsi üyeleri ile aynı kolda yer alması F. baskilensis’in bu altcinste yer aldığı fikrini düşündürmektedir. Bu çalışma F. baskilensis populasyonlarına ait sekans bilgileri kullanılarak yapılmış ilk moleküler tabanlı çalışma olması açısından oldukça önemlidir ve sözkonusu türe ait yeni “trn” gen bölgesi haplotipleri ilk defa tarafımızca tespit edilerek GenBank veritabanına kazandırılmıştır.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Kaynak
Biological Diversity and Conservation
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
14
Sayı
3
Künye
SANCAR P, TAŞKIN I, KURŞAT M, MUNZUROĞLU Ö (2021). Phylogenetic analysis for endemic Fritillaria baskilensis Behçet (Liliaceae): Evidence from cpDNA “trn” sequences. Biological Diversity and Conservation, 14(3), 431 - 441. 10.46309/biodicon.2021.963174
