Çiğ süt örneklerinde escherichia coli prevalansının ve üropatojenik escherichia coli (UPEC) virülans genlerinin araştırılması

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorYıldırım, Seval Cing
dc.contributor.advisorYeğin, Zeynep
dc.contributor.authorAkan, Aynur
dc.date.accessioned2026-02-24T13:02:19Z
dc.date.available2026-02-24T13:02:19Z
dc.date.issued2025
dc.departmentFen Bilimleri Enstitüsü, Biyoloji Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractBu çalışma, Malatya bölgesinden temin edilen 122 çiğ süt örneğinden izole edilen Escherichia coli suşlarının moleküler düzeyde tanımlanması, antibiyotik direnç profilleri ve üropatojenik E. coli (UPEC) potansiyelinin belirlenmesine yönelik çok yönlü bir analiz sunmaktadır. İlk aşamada 206 koloni izole edilmiş, bunlardan 115'i biyokimyasal testlerle E. coli olarak tanımlanmıştır. Tür düzeyinde doğrulama için yapılan 16S rRNA gen bölgesi PZR amplifikasyonu ve sekans analizleri, bu izolatların büyük çoğunluğunun E. coli ile yüksek oranda benzerlik taşıdığını ortaya koymuştur. Antibiyotik duyarlılık testlerinde tüm izolatlar sefalotine %100 direnç göstermiştir. Fosfomisine (% 25.2) ve sülfametoksazole (% 8.7) direnç oranları da dikkat çekicidir. MAR (Multiple Antibiotic Resistance) indeksi 0.178 olarak hesaplanmış, bu durum orta düzeyde antibiyotik baskısı altında gelişmiş bir direnç profilini göstermektedir. Ayrıca izolatların % 65.2'si birden fazla antibiyotik grubuna karşı dirençli (MDR) olarak tanımlanmıştır. UPEC karakterizasyonu amacıyla seçilen 69 E. coli izolatında 10 virülans geni PZR ile taranmış; en sık tespit edilen genler fimA (% 98.5) ve agn43 (% 95.6) olmuştur. Literatürde yaygın kabul gören kriterlere göre, en az üç virülans genine sahip olan 34 izolat (% 66.60) potansiyel UPEC suşu olarak sınıflandırılmıştır. Bu durum, 16S rRNA ile doğrulanan E. coli suşlarının önemli bir kısmının, özellikle idrar yolu enfeksiyonlarına neden olabilen zoonotik ve yüksek virülanslı patotipler taşıdığını göstermektedir. Sonuç olarak, çiğ süt ürünleri yalnızca gıda kaynaklı mikrobiyolojik kontaminasyon riski taşımamaktadır. Aynı zamanda antibiyotik dirençli ve UPEC özellikleri taşıyan E. coli suşları için bir rezervuar olabilmektedir. Bu bulgular, çiğ süt tüketiminin halk sağlığı üzerindeki potansiyel etkilerine dair güçlü bir uyarı niteliği taşımaktadır ve gıda güvenliği açısından daha sıkı denetim ve farkındalık ihtiyacını ortaya koymaktadır.
dc.description.abstractThis study provides a comprehensive analysis of Escherichia coli strains isolated from 122 raw milk samples collected in the Malatya region, focusing on molecular identification, antibiotic resistance profiles, and the potential of Uropathogenic E. coli (UPEC). Initially, 206 colonies were isolated, with 115 biochemically confirmed as E. coli. Species-level confirmation using PCR amplification and sequencing of the 16S rRNA gene showed high similarity to E. coli. Antibiotic susceptibility tests revealed 100% resistance to cephalothin. Notable resistance rates were observed for fosfomycin (25.2%) and sulfametoksazol (8.7%). The Multiple Antibiotic Resistance (MAR) index was calculated as 0.178, indicating moderate antibiotic pressure contributing to resistance development. Additionally, 65.2% of isolates were identified as multidrug-resistant (MDR), exhibiting resistance to multiple antibiotic classes. For UPEC characterization, 69 isolates were screened for 10 virulence genes via PCR; fimA (98.5%) and agn43 (95.6%) were the most prevalent. Based on widely accepted criteria, 34 isolates (66.60%) carrying at least three virulence genes were classified as potential UPEC strains. This suggests that a significant portion of the E. coli isolates possess zoonotic and highly virulent pathotypes capable of causing urinary tract infections. In conclusion, raw milk products not only present a risk of microbiological contamination but also serve as reservoirs for antibiotic-resistant and UPEC-associated E. coli strains. These findings highlight the potential public health risks of raw milk consumption and underscore the need for stricter regulations and increased food safety awareness.
dc.identifier.endpage141
dc.identifier.startpage1
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=Xau5rw3KuCgEuy-FuJQtsLWO2T4V5lIZ9CWFCoV5KFS1R5QSEq0n5lokxwzgpmeK
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11616/106446
dc.identifier.yoktezid953994
dc.language.isotr
dc.publisherİnönü Üniversitesi
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccess
dc.snmzKA_TEZ_20260224
dc.subjectBiyoloji
dc.subjectBiology
dc.subjectBiyoteknoloji
dc.titleÇiğ süt örneklerinde escherichia coli prevalansının ve üropatojenik escherichia coli (UPEC) virülans genlerinin araştırılması
dc.title.alternativeInvestigation of the prevalence of escherichia coli and uropathogenic escherichia coli (UPEC) virulence genes in raw milk samples
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu