Yazar "Otlu, Barış" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 20 / 106
  • Küçük Resim
    Öğe
    Acute otitis media and respiratory viruses
    (European Journal of Pediatrics, 2007) Bulut, Yunus; Güven, Mehmet; Otlu, Barış; Yenişehirli, Gülgün; Aladağ, İbrahim; Eyibilen, Ahmet; Doğru, Salim
    Abstract The present study was performed to elucidate the clinical outcome, and etiology of acute otitis media (AOM) in children based on virologic and bacteriologic tests. The study group consisted of 120 children aged 6 to 144 months with AOM. Middle ear fluid (MEF) was tested for viral pathogens by reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) and for bacteria by gram-staining and culture. Clinical response was assessed on day 2 to 4, 11 to 13, 26 to 28. Respiratory viruses were isolated in 39 patients (32.5%). Respiratory syncytial virus (RSV) (46.5%) was the most common virus identified in MEF samples, followed by human rhinovirus (HRV) (25.6%), human coronavirus (HCV) (11.6%), influenza (IV) type A (9.3%), adenovirus type sub type A (AV) (4%), and parainfluenza (PIV) type -3 (2%) by RT-PCR. In total 69 bacterial species were isolated from 65 (54.8%) of 120 patients. Streptococcus pneumoniae (S. pneumoniae) was the most frequently isolated bacteria. Viral RNA was detected in 31 (56.3%) of 55 bacteria-negative specimens and in 8 (12.3%) of 65 bacteria-positive MEF samples. No significant differences were found between children representing viral infection alone, combined viral and bacterial infection, bacterial infection alone, and neither viral nor bacterial infection, regarding clinical cure, relapse and reinfection rates. A significantly higher rate of secretory otitis media (SOM) was observed in alone or combined RSV infection with S. pneumonia or Haemophilus influenzae (H. influenzae) than in other viruses infection. Conclusion. This study provides information about etiologic agents and diagnosis of AOM in Turkish children. The findings highlight the importance of common respiratory viruses and bacterial pathogens, particularly RSV, HRV, S. pneumoniae and H. influenzae, in predisposing to and causing AOM in children.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Acınetobacter baumannı,escherichia coli ve klebsiella türlerinin moleküler tiplendirmesinde kullanılabilecek kısa süreli "pulsed-field gel" elektroforez ( PFGE) protokolü
    (ANKEM Dergisi, 2007) Durmaz, Rıza; Otlu, Barış; Çalışkan, Ahmet; Gürsoy, Nafia
    Öz: Bu yazıda birçok hastanedeki hastane infeksiyonlarından sıklıkla izole edilen Acinetobacter baumannii, Escherichia coli ve Klebsiella türlerinin alttiplendirmesinde kullanılmak üzere optimize edilmiş, hızlı ve ortak bir “pulsed-field” jel eletroforez (PFGE) protokolü sunulmuştur. Optimize edilen yöntem basit, tekrarlanabilir ve farklı bakteriler için kullanıma uygun bulunmuştur. Ayrıca süreyi kısaltması, kullanılan çözelti ve enzimlerin düşük hacimleriyle çalışılabilmesi nedeniyle, ekonomik olarak değerlendirilmiştir. Çalışılan bakterilere bağlı salgınları değerlendirme ve hastane infeksiyonlarının yaygınlık derecesi hakkında yararlı bilgiler sunma potansiyeli vardır. Optimize edilen bu protokol, farklı merkezlere ait PFGE sonuçlarının birbirleriyle karşılaştırmasına olanak sağlayabilir. Başlık (İngilizce): A Rapid pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) protocol developed for subtyping acinetobacter baumannii, escherichia coli, and klebsiella spp. Öz (İngilizce): This paper provided information about a rapid pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) protocol optimized for subtyping of Acinetobacter baumannii, Escherichia coli, and Klebsiealla spp. which are commonly isolated from nosocomial infections in many hospitals. The procedure was simple, reproducible and versatile. Furhermore it is likely cost-effective because of reducing time, reagent volumes and enzymes. It has potential to identify outbreaks and follow spreading degree of nosocomial infections caused by the tested bacterial strains. This optimized protocol can allow PFGE fingerprinting profiles of the isolates from different settings to be compared.
  • Küçük Resim
    Öğe
    An antibody of TNF alpha did not prevent thioacetamide induced hepatotoxicity in rats
    (Human&experimental toxicology, 2011) Demirel, Ulvi; Harputoğlu, Muhsin Murat Muhip; Seçkin, Yüksel; Çıralık, Harun; Temel, İsmail; Özyalın, Fatma; Otlu, Barış; Yılmaz, Bilgiç; Dinçtürk, Mehmet Sarp; Aladağ, Hülya
    Tumor necrosis factor (TNF)-a antibodies have been shown to reduce liver damage in different models. We investigated the effects of infliximab (a TNF-a antibody) on liver damage in thioacetamide (TAA)-induced hepatotoxicity in rats. Group 1 (n ¼ 8) was the control group. In group 2 (n ¼ 8), the TAA group, the rats received 300 mg/kg intraperitoneal (ip) TAA daily for 2 days. In group 3 (n ¼ 8), the TAA þ Infliximab (INF) group, infliximab (5 mg/kg ip daily) was administered 48 hours before the first dose of TAA daily for 2 days and was maintained for 4 consecutive days. In group 4 (n ¼ 8), the INF group, the rats received only ip infliximab (5 mg/kg) daily. Livers were excised for histopathological and biochemical tests (thiobarbituric-acid-reactive substances [TBARS], and myeloperoxidase [MPO]). Serum ammonia, aspartate transaminase (AST), alanine transaminase (ALT), TNF-a, liver TBARS and MPO levels, and liver necrosis and inflammation scores in the TAA group were significantly higher than in the control and INF groups (all p < 0.01). All parameters except AST were not significantly different between TAA and TAA þ INF. In conclusion, our results suggest that oxidative stress plays an important role in TAA-induced hepatotoxicity, and infliximab does not improve oxidative liver damage.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Apo E Genotyping İn Tuberculosis Patients From Malatya
    (Turgut Özal Tıp Merkezi Dergisi, 2015) Acar, Ceren; Giray, Aslı Kurt; Vaizoğlu, R.Dilara; Gözükara, G.Harika; Arıca, Zeynep; Durmaz, Bekir; Kayabaş, Üner; Otlu, Barış
    Öz: Tinea inkognito, topikal veya sistemik steroidlerin uygunsuz kullanımı sonucu tipik dermatofit kliniğinden uzaklaşan dermatofit enfeksiyonudur. Tinea inkognito klinik görünüm olarak egzema, psoriasis, alerjik kontakt dermatit, rozasea, seboreik dermatit, atopik dermatit gibi birçok dermatozu taklit edebilmektedir. Tinea inkognito tanısı, lezyondan direkt KOH (potasyum hidroksit) incelemesi (nativ preperatı), lezyondan mantar kültürü yapılması ve bazı olgularda histopatolojik inceleme ile konulur. Tinea inkognito tedavisinde sistemik antifungal tedavi önerilmektedir. Burada, kliniğimizde 2014 yılı içinde çeşitli dermatozları taklit eden tinea inkognito tanısı almış ve tedavi edilmiş 10 olgu sunulmaktadır
  • Küçük Resim
    Öğe
    Association of Helicobacter pylori infection with systemic inflammation in preeclampsia
    (Journal of Maternal-Fetal & Neonatal Medicine, 2010) Üstün, Yusuf; Üstün, Yaprak Engin; Özkaplan, Esra; Otlu, Barış; Tekerekoğlu, Mehmet Sait
    Objective. The aim of this study was to compare C-reactive protein (CRP), tumor necrosis factor alpha (TNFa), Chlamydia pneumonia IgG, IgM and plasma Helicobacter pylori IgA levels between preeclamptic and normal pregnant women and to determine whether seropositivity to Helicobacter pylori is associated with elevated levels of CRP and TNF-a. Methods. Forty patients with preeclampsia and 40 normotensive pregnant women of similar age and body mass index at the third trimester of gestation were selected for the study. Chlamydia pneumonia IgM and IgGs, Helicobacter pylori IgAs and concentrations of CRP and TNF-a were measured. Results. Concentrations of CRP and TNF-a were significantly higher in patients with preeclampsia than in control subjects. In the preeclamptic group, positivity rate for Helicobacter pylori IgA was significantly higher as compared to controls (p ¼ 0.034). CRP and TNF-a levels were higher in Helicobacter pylori seropositive subjects. Conclusion. We demonstrated high levels of serum CRP and TNF-a in preeclamptic women who were seropositive to Helicobacter pylori in comparison with those in seronegative subjects.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Beijing W and major spoligotype families of mycobacterium tuberculosis strains isolated from tuberculosis patients in eastern Turkey
    (New Microbiologica, 2009) Otlu, Barış; Durmaz, Rıza; Günal, Selami; Sola, Christophe; Zozio, Thierry; Rastogi, Nalin
    The aim of this study was to determine the Beijing/W family and major phylogenetic clades of Mycobacterium tuberculosis strains of tuberculosis patients in a city with a tuberculosis incidence higher than the country average. A total of 220 M. tuberculosis strains isolated over a period of more than four years were typed by spoligotyping. Spoligotyping resulted in 64 different patterns, 38 (17.3%) of which were unique, and 26 were clusters including 182 (82.7%) strains. The major shared types were ST 53 (n=55, 25%), ST 41 (LAM7-TUR; n=19, 8.6%), and ST 284 (n=15, 6.8%). The major clades observed ranked in the following order: ill-defined T superfamily (n=112, 50.9%); LatinoAmerican-Mediterranean (LAM; n=33, 15%); Haarlem (n=24, 10.9%); and the S family (n=9, 4.1%). Three strains were in the Beijing family. A high number of strains (33 strains) showed patterns that did not fall within any of the major clades described. M. tuberculosis strains in Malatya have both STs showing a widespread distribution over the world and those restricted to this city, confirming the highly diverse nature of tuberculosis. Our results suggest that the Beijing clade, which is more prevalent among the strains with MDR and isoniazid resistance, is currently not a problem in Eastern Turkey.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Beijing/W grup Mycobacterium tuberculosis izolatlarının Malatya'daki durumu
    (2006) Otlu, Barış; Durmaz, Rıza; Günal, Selami
    [Abstract Not Available]
  • Küçük Resim
    Öğe
    Benin, premalin ve malin lezyonlarda hücre proliferasyon belirleyicilerinin ekspresyonu ve insan papilloma virus izolasyonu
    (Türkderm-Deri Hastalıkları ve Frengi Arşivi, 2007) Serarslan, Gamze; Atik, Esin; Otlu, Barış; Bakariş, Sevgi; Durmaz, Rıza
    Öz: AMAÇ: Bu çalışmada çeşitli benin, premalin ve malin deri lezyonlarında proliferasyon belirleyicilerinin rolü ve bu lezyonlarda insan papilloma virusu (HPV) pozitifliğinin saptanması amaçlandı. GEREÇ-YÖNTEM: Çalışmaya, parafin bloktaki 62 doku [12 seboreik keratoz (SK), 10 keratoakantom (KA), 8 aktinik keratoz (AK), 22 bazal hücreli karsinom (BHK) ve 10 skuamöz hücreli karsinom (SHK)] alındı. Doku örnekleri, Ki-67, p21 ve bcl-2 ekspresyonunu belirlemek amacıyla, immünohistokimyasal yöntemle çalışıldı. HPV DNA’sını tespit etmek için PCR uygulandı. BULGULAR: BHK tanısı almış olan iki dokuda HPV (tip-16) pozitifliği saptandı. Lezyonlarda Ki-67, p21 ve bcl-2 ekspresyonu sırası ile şu şekildeydi: KA
  • Küçük Resim
    Öğe
    Bir G Grubu Streptokok Menenjiti Olgusu
    (Turgut Özal Tıp Merkezi Dergisi, 1999) Bayındır, Yaşar; tekerekoğlu, M. Sait; Otlu, Barış; Sönmez, Emine; Durmaz, Bengül
    Menenjit, beyin omurilik sıvısında anormal beyaz küre sayısı ile seyreden beyin zarlarının inflamasyonudur. Akut menenjit sendro- muna çeşitli infeksiyon ajanları neden olabilir. Noninfeksiyöz has­talıklar grubu da aynı tabloyu oluşturabilir. G grubu streptokokun menenjit te dahil olmak üzere, ciddi infeksiyonlara sebep olduğu ra­por edilmekte ve patojen olarak tanımlanmaktadır. Bu vakada; cer­rahi tedavi sonrası kemoterapi ve radyoterapi almış, beyin metastazı olan, parotis malign mikst tümörlü 34 yaşındaki erkek hastada geli­şen G grubu streptokok menenjit olgusu sunulmuştur.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Bir G grubu streptokok menenjiti olgusu
    (1999) Bayındır, Yaşar; Tekerekoğlu, M. Sait; Otlu, Barış; Sönmez, Emine; Durmaz, Bengül
    Menenjit, beyin omurilik sıvısında anormal beyaz küre sayısı ile seyreden beyin zarlarının inflamasyonudur. Akut menenjit sendromuna çeşitli infeksiyon ajanları neden olabilir. Noninfeksiyöz hastalıklar grubu da aynı tabloyu oluşturabilir. G grubu streptokok'un menenjitte dahil olmak üzere, ciddi infeksiyonlara sebep olduğu rapor edilmekte ve patojen olarak tanımlanmaktadır. Bu vakada; cerrahi tedavi sonrası kemoterapi ve radyoterapi almış, beyin metastazı olan, parotis malign mikst tümörlü 34 yaşındaki erkek hastada gelişen G grubu streptokok menenjit olgusu sunulmuştur.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Bir üniversite hastanesi laboratuvarında beyin omurilik sıvısı'nda izole edilen mikroorganizmaların üç yıllık geriye dönük analizi
    (2012) Duman, Yücel; Yakupoğulları, Yusuf; Tekerekoğlu, Mehmet Sait; Güçlüer, Nilay; Otlu, Barış
    Amaç: Bu çalışmada, hastanemizde üç yıllık dönemde beyin omurilik sıvısından (BOS) izole edilen ajanların geriye dönük analizi yapıldı. Gereç ve yöntem: Eylül 2008 ile Eylül 2011 yılları arasında laboratuvarımıza BOS örneği gönderilmiş olan hastaların sonuçları retrospektif olarak incelendi. Soyutlanan bakteri türleri konvansiyonel yöntemler, biyokimyasal testler ve/veya Phonix (BD, US) ticari identifikasyon sistemleri kullanılarak tanımlandı. Elde edilen türlerin antimikrobiyal duyarlılık testleri Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda çalışıldı. Bulgular: Toplam 1408 hastaya ait BOS örneğinden 11 Streptococcus pneumoniae, 8 Klebsiella pneumoniae, 7 Pseudomonas aeruginosa, 7 Acinetobacter baumannii, 5 Escherichia coli, 4 Enterococcus spp., 2 Enterobacter spp., 25 koagülaz negatif stafilokok, 1 Morganella morganii, 2 Neisseria meningitidis, 1 Brucella spp., ve 1 Candida albicans olmak üzere toplam 74 (%5.2) üreme saptandı. Yapılan antibiyotik duyarlılık testinde 2 S.pneumoniae suşunda penisilin direnci saptanırken; bir E.coli ve iki K.pneumoniae suşunda genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL); üç acinetobacter ve bir pseudomonas suşunda ise karbapenem direnci saptandı. Sonuç: Farklı bölgelerde ve hasta topluluklarında etken ve antimikrobiyal direnç epidemiyolojisinin belirlenmesi koruyucu ve tedavi edici sağlık politikaların yapılandırılmasında faydalı olacaktır.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Biyofilm oluşturan ve oluşturmayan staphylococcus aureus klinik izolatlarının hidrofobik özelliklerinin araştırılması
    (2010) Ay, Selma; Güldür, Tayfun; Tekerekoğlu, Mehmet Sait; Otlu, Barış
    Öz: Stafilokok enfeksiyonlarının patogenezinde, stafilokokların yabancı cisim yüzeylerine yapışma ve bu yüzeylerde biyofilm (slime) oluşturma yetenekleri rol oynamaktadır. Yüzeye bağlanmada mikroorganizma ile yüzey arasındaki hidrofobik etkileşimler ve hidrojen bağları da önemlidir. Bu çalışmada, biyofilm oluşturan ve oluşturmayan Staphylococcus aureus klinik izolatlarının hidrofobik özelliklerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, Mayıs 2006-Haziran 2007 tarihleri arasında yoğun bakım ünitesinde yatmakta olan hastaların kan kültürlerinden izole edilen, tümü metisiline dirençli ve 5’i biyofilm oluşturan 10 S.aureus suşu dahil edilmiştir. Çalışmada standart suş olarak S.aureus ATCC 25923 kullanılmış; “slime” üretimi Christensen yöntemi ile, metisilin direnci sefoksitin disk difüzyon ve oksasilin tuz agar tarama testi ile belirlenmiş ve suşların hiçbirisinin otoagregasyon göstermediği saptanmıştır. İzolatların hidrofobik yüzeylere yapışma özelliği, hidrofobik etkileşim kromatografisi (HIC; Hydrophobic Interaction Chromatography) ile araştırılmış ve HIC yönteminde katı faz olarak üç farklı hidrokarbon (bütil-sefaroz, oktil-sefaroz ve fenil-sefaroz; Amersham Bioscience, İsveç) kullanılmıştır. Çalışmamızda, biyofilm oluşturan izo- latların bütil- ve oktil-sefaroz ile kromatografisi sonunda iki fraksiyona (sırasıyla; %40 ve %96 etanol); oluşturmayan suşların ise üç fraksiyona [sırasıyla; fosfat tamponu (PBS), %40 ve %96 etanol] ayrıldığı saptanmıştır. Buna karşın “slime” pozitif ve negatif S.aureus suşlarının fenisefaroz kromatografisi sonunda iki fraksiyon (sırasıyla; %40 ve %96 etanol) elde edilmiştir. Hidrofobisite çalışmalarında, ortamın pH ve ısı değişimlerinin sonuçlar üzerindeki etkisinin araştırılması amacıyla da, tüm işlemler 4°C’de ve pH 6-9 arası değerlerde tekrarlanmış ve bu ısı ve pH değerlerinde kromatografik paternlerin değişmediği görülmüştür. Sonuç olarak, biyofilm oluşturan S.aureus izolatlarının, oluşturmayan izolatlara göre daha hidrofobik olduğu belirlenmiştir. Ayrıca verilerimiz, saf S.aureus kültürleri içerisinde dahi farklı hidrofobik bağlanma kuvvetine sahip heterojen fraksiyonlar bulunabileceğini ve bu heterojen fraksiyonlar arasında hidrofobik yüzey proteinlerinin salgılanma derecelerinin farklı olabileceğini düşündürmüştür. Ancak, farklı fraksiyonlarda yer alan suşların daha iyi karakterize edilmesi ve enfeksiyon oluşturma yeteneklerinin ortaya konması için ileri çalışmalara gereksinim vardır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Candida albicans outbreak associated with total parenteral nutrition in the neonatal unit
    (Indian Journal of Medical Microbiology, 2016) Güdücüoğlu, Hüseyin; Gültepe, Bilge Sümbül; Otlu, Barış; Bektaş, Hava; Yıldırım, Özge; Tuncer, Oğuz; Berktaş, Mustafa
    Background: The most frequently isolated fungi in patients using TPN belongs to the Candida genus. Various infections including venous catheter infections, fungemia, endocarditis and ophthalmitis may be encountered. Objective: Upon growth of Candida in the blood cultures from the pediatric (neonatal) unit of our hospital, a surveillance was performed in this unit and involving the health care workers. Clonal relationships of the isolates were investigated with molecular tests. Methods: Blood samples obtained from the patients in pediatric neonatal unit were studied with automatized blood culture [BacT/Alert (Bio Mérioux, France)]. Yeast isolates from environmental surveillance cultures (TPN solutions, hands of healthcare personnel, étagère, etc) and patients were identified as C. albicans with conventional methods and ID 32 C and ATBTM Fungus 3 (Biomerieux, France) kits. Clonal similarity was determined by using AP-PCR as initial method and we have also typified all strains by the method of REP-PCR (diversilab system,bioMérieux). Finally; Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) was used for confirmation. Results: C. albicans was isolated in blood cultures of seven patients. Similar antifungal susceptibility patterns were observed in all isolates. AP-PCR and REP-PCR showed that the C. albicans isolates grown in the TPN solution and from the patients’ blood cultures were clonally same strains. PFGE analysis further confirmed this clonality. Conclusion: According to results of the molecular methods, we thought that a C. albicans outbreak had occurred in the neonatal pediatric unit, due to contamination of TPN solution.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Carriage of Streptococcus pyogenes in primary school children M protein types pyrogenic toxin genes and investigation of the clonal relationships between the isolates
    (Mikrobiyol Bul, 2015. 49(3), 301–13., 2015) Otlu, Barış; Karakurt, Cemşit; Bayındır, Yaşar; Kayabaş, Üner; Yakupoğulları, Yusuf; Gözde, Harika; Bağ, Gözükara
    M-protein and pyrogenic toxins are the most important virulence factors of Streptococcus pyogenes, and they play significant role in the pathophysiology of acute rheumatoid fever and scarlet fever, respectively. In this study, the pharyngeal carriage of S.pyogenes of the primary school children, clonal relationship of the strains, M-protein types, and the presence of pyrogenic toxin genes were aimed to be investigated. A total of 668 throat cultures obtained from children (age range: 6-16 years) in two primary schools in our region, were included in the study. The clonal relationships of the isolated group A streptococci (GAS) strains were investigated by DiversiLab assay (BioMérieux, France), and the clonal relatedness was confirmed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) method. M-protein (emm) typing was performed by DNA sequencing as suggested by Centers for Disease Control and Prevention (CDC). The genes encoding pyrogenic toxins, speA and speC, were investigated by an in-house multiplex polymerase chain reaction (PCR) method. S.pyogenes was isolated from 134 (20.05%) of the throat samples. The GAS carriage rate of the students aged ≥10 was statistically higher than those 7-9 years age group (%22 vs %16.4, p<0.05). The M protein gene could be characterized only among 123 isolates by DNA sequencing, and 20 different emm types were detected. The most frequent emm type was emm1 (n=38, 30.9%) followed by emm12 (n=18, 14.6%), emm89 (n=10, 8.1%), emm118 (n=9, 7.3%), and emm4 (n=7, 5.7%). Pyrogenic toxin genes were found in 25 (18.6%) of the isolates, including speA in 11 isolates (8.2%) and speC in 12 isolates (8.9%) and both genes were detected in 2 isolates (1.5%). Sixty-two different Rep (Repetitive extragenic palindromic)-PCR profiles were detected in 134 S.pyogenes isolates by DiversiLab method. Thirteen different clusters were formed by a total of clonally related 36 isolates revealing a strain clustering ratio of 26.9%. Clonal relationship of all isolates in the same cluster was confirmed by PFGE method. In this study, relatively high percentage of GAS carriage was observed among primary school children in our region. The coverage rate of the 30-valent vaccine was determined to be over 90% with respect to M-protein types. Since the pyrogenic toxin-encoding genes were found in one fifth of the isolates from the studied subjects, we concluded that the carrier population may also have high risk for scarlet fever. We also concluded that, the clonal relationship ratio determined among the isolates may be a risk in school transmission of GAS.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Carriage of streptococcus pyogenes in primary school children M protein types pyrogenic toxin genes and investigation of the clonal relationships between the isolates
    (Mikrobiyoloji Bulteni, 2015) Otlu, Barış; Karakurt, Cemşit; Bayındır, Yaşar; Kayabaş, Üner; Yakupoğulları, Yusuf; Gözükara Bağ, Harika
    M-proteini ve pirojenik toksinler Streptococcus pyogenes’in en önemli virülans faktörleri olup, bu faktörler sırasıyla akut romatizmal ateş ve kızıl hastalığının patofi zyolojisinde önemli rol oynarlar. Bu çalış- mada, ilköğretim okulu çocuklarının farengeal S.pyogenes taşıyıcılık durumları, suşlar arasındaki klonal ilişki, izolatların M-protein tipleri ve pirojenik toksin gen varlığının araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya, bölgemizdeki iki ilköğretim okulunda bulunan 668 çocuktan (yaş aralığı: 6-16 yıl) alınan boğaz kültürü örnekleri dahil edilmiştir. İzole edilen grup A streptokok suşları arasındaki klonal ilişki DiversiLab (BioMérieux, Fransa) yöntemiyle araştırılmış ve tespit edilen klonal ilişkiler PFGE (pulsed-fi eld gel electrophoresis) yöntemi ile doğrulanmıştır. İzolatların M-protein (emm) tiplemesi Centers for Disease Control and Prevention (CDC) tarafından önerilen DNA dizi analizi yöntemiyle gerçekleştirilmiştir. Pirojenik toksin kodlayan genlerden speA ve speC’nin varlığı in-house multipleks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemi ile araştırılmıştır. Çalışmada toplam 134 (%20.05) öğrencinin boğaz kültüründen S.pyogenes izole edilmiştir. 10 yaş ve üzeri öğrencilerin GAS taşıyıcılık oranı, 7-9 yaş grubu öğrencilerine göre istatistiksel olarak daha yüksek bulunmuştur (%22’ye karşı %16.4; p< 0.05). Dizi analizi ile bu izolatlardan 123’ünün M protein geni tiplendirilebilmiş ve 20 farklı emm tipi saptanmıştır. En sık tespit edilen emm tipi emm1 (n= 38, %30.9) olmuş, bunu sırasıyla emm12 (n= 18, %14.6), emm89 (n= 10, %8.1), emm118 (n= 8, %7.3) ve emm4 (n= 7, %5.7) izlemiştir. Toplam 25 (%18.6) izolatta pirojenik toksin geni bulunmuş; bunların 11’inde (%8.2) speA, 12’sinde speC (%8.9) ve ikisinde (%1.5) her iki gen birden saptanmıştır. DiversiLab yöntemi ile 134 S.pyogenes suşu içerisinde 62 farklı Rep (Repetitive extragenic palindromic)-PCR profi li belirlenmiştir. Klonal olarak ilişkili 36 izolat, 13 farklı küme içerisinde yer almıştır. Suşların kümeleşme oranı %26.9 olarak bulunmuş; aynı küme içerisinde yer alan izolatların tümü arasındaki klonal ilişki, PFGE yöntemi ile de doğrulanmıştır. Çalışmamızda, bölgemizdeki ilköğretim çocukları arasında GAS taşıyıcı- lığının yüksek olduğu ve M-protein tiplerine göre suşların 30 valanlı aşı tarafından kapsanma oranının %90’nın üzerinde olduğu tespit edilmiştir. İzolatların yaklaşık beşte birinde pirojenik toksin geni bulunması, taşıyıcılarda da kızıl hastalığı riskinin yüksek olabileceğini göstermiştir. Bununla birlikte, izolatlar arasında tespit edilen klonal ilişki oranı, okul içi GAS yayılımının risk oluşturabileceği lehine yorumlanmıştır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Cinsel Yolla Bulaşan Çeşitli Patojenlerin İnfertil Çiftlerdeki Prevalansı ve İn Vitro Fertilizasyon Başarısı Üzerine Etkisi
    (2019) Gürsoy, Nafia Canan; Tuncay, Görkem; Karaer, Abdullah; Tecellioğlu, Ayşe Nihan; Yiğit, Hande; Yakupoğulları, Yusuf; Otlu, Barış
    Öz: Giriş: Cinsel yolla bulaşan infeksiyonlar kadın ve erkek genital sisteminde oluşturduğu doku hasarı ve fonksiyon kayıpları ile infertilite, ektopik gebelik ve abortus gibi sorunlara neden olabilmektedir. İnfertilite etyopatogenezinde bakteriyel ajanların rolü iyi bilinmesine karşılık, cinsel ilişki ile bulaşabilen bazı viral etkenlerin infertilite ile olan ilişkileri göreceli olarak daha az bilinmektedir. Bu çalışmada in vitro fertilizasyon (IVF) programına alınan infertil hastalarda sitomegalovirüs (CMV), insan papillomavirüs (HPV), herpes simpleks virüs (HSV 1 ve HSV 2), insan immünyetmezlik virüsü (HIV), hepatit B virüsü (HBV), hepatit C virüsü (HCV) ve Chlamydia trachomatis sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Yaklaşık bir yıllık sürede 149 infertil çiftten semen ve servikal örnekler alındı ve polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) yöntemiyle etkenlerin varlığı araştırıldı. Bu etkenlerin IVF tedavi başarısı üzerine etkisi değerlendirildi. Bulgular: Toplam 149 IVF tedavisine alınan infertil çiftin %8.1 (12/149)’inin CMV ile infekte olduğu görülmüş, sperm örneklerinde %2 (3/149), servikal örneklerde ise %6 (9/149) oranında CMV-DNA pozitifliği saptanmıştır. Çiftlerin her ikisinde birlikte CMV infeksiyonuna rastlanmamıştır. Çiftlerin %9.4 (14/149)’ünde HPV infeksiyonu olduğu görülmüş ve bunların sperm örneklerinde %5.4 (8/149), servikal örneklerde ise %7.4 (11/149) oranında HPV-DNA varlığı gösterilmiştir. Sperm örneklerindeki onkojenik yüksek riskli HPV (HR HPV) genotip oranı %37.5 (3/8), en sık saptanan genotipler sırayla HPV 18, 35 ve 39 iken, servikal örneklerdeki HR HPV genotip oranı %63.6 (7/11), en sık saptanan genotipler ise HPV 35, 16, 18, 45 ve 53 olarak bulunmuştur. Çiftlerin her ikisinde birden %3.4 (5/149) oranında HPV-DNA pozitifliği bulunurken, HPV genotipleri için çiftler arası uyum %40 (2/5) olarak saptanmıştır. HPV veya CMV pozitifliğinin erkeklerde sperm parametreleri, IVF tedavisi ile elde edilen oosit, embriyo sayısı ve gebelik ve canlı doğum parametreleri üzerinde istatistiksel olarak anlamlı bir etkisi olmadığı görülmüştür. Çiftlere ait sperm ve servikal örneklerin hiçbirinde C. trachomatis, HSV-1/2, HBV, HCV ve HIV tespit edilmemiştir. Sonuç: İnfertil hastalarda olası etkenlerin araştırıldığı daha kapsamlı çalışmalara gereksinim vardır. Bu konudaki epidemiyolojik veri eksiğinin giderilmesi için de öncelikle IVF kliniklerine başvuran hastalar gibi ulaşılması daha kolay hasta gruplarına ve özellikle ülkemizde endemik olarak görülen bakteriyel/viral etkenlere öncelik tanınması yararlı olacaktır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Clinical microbiologic and epidemiologic characteristics of Pseudomonas aeruginosa infections in a University Hospital Malatya Turkey
    (American Journal of Infection Control, 2006) Yetkin, Gülay; Otlu, Barış; Çiçek, Ayşegül; Kuzucu, Çiğdem; Durmaz, Rıza
    Background: Pseudomonas aeruginosa strains are generally resistant to many antibiotics, and nosocomial infections because of this species are one of the major problems in many hospitals. Molecular typing provides very useful information about origin and transmission of the strains. The aims of the present study were to investigate clinical and microbiologic characteristics of the nosocomial infections caused by P aeruginosa strains in a medical center and to bring up the cross-transmission level of this opportunistic pathogen in a university hospital by analyzing the clonal relationship among the isolates. Methods: A total of 105 P aeruginosa strains had been identified among the 80 inpatients in a 1-year period from August 2003 to August 2004. Demographic, clinical, and epidemiologic data of the patients were prospectively recorded. The standardized diskdiffusion method was used to determine resistance of the strains to imipenem, ceftazidime, aztreonam, amikacin, gentamicin, mezlocillin, cefepime, tobramycin, meropenem, ceftriaxone, and ciprofloxacin. Clonal relatedness of the strains was investigated by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Results: Of the 105 P aeruginosa strains identified, 45 (43%) were isolated from the patients hospitalized in intensive care units. Thirteen patients had repeated pseudomonas infection (total 38 infections/13 patients); 26 of these repeated infections in 9 patients showed the same localization. Half of the patients had at least 1 underlying disease such as burn (48%), chronic illness (32%), and malignancy (20%). Fifty-seven patients (71%) had urinary and/or other catheterization. Urinary tract infection (35%) was the most frequent infection encountered, followed by respiratory tract infection (34%) and sepsis (13%). Resistance to the antibiotics tested was in the 12% to 88% range; amikacin was the most effective and ceftriaxone was the least effective antibiotic. The PFGE typing method showed that 28 of the 80 patients’ isolates were clonally related, including 23 indistinguishable or closely related strains (29%), and 5 possibly related strains (6%). Epidemiologic data of the 16 patients (20% of the patients) confirmed a clonal relationship among the strains. Of the 26 isolates of the 9 patients having repeated infection in the same location, 18 (69%) were in the clonally related groups, whereas 11 of the 12 strains isolated from repeated infections on different body sites were clonally different. Conclusion: Our results indicated that P aeruginosa infections in our hospital mainly affected the patients hospitalized in intensive care units and those having catheterization, burn, and/or chronic illness. Amikacin was the best antibiotic as far as bacterial resistance was considered. Although lack of major PFGE type confirmed no P aeruginosa outbreak, typing results showed that cross transmission and treatment failure are the 2 main problems, which should be consider together to prevent this bacterial infection in medical centers.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Co-Production of OXA-48 and NDM-1 Carbapenemases in Providencia rettgeri: the First Report
    (ANKARA MICROBIOLOGY SOC, HACETLEPE UNIV FACULTY MEDICINE DEPT MICROBIOLOGY, 06100 ANKARA, TURKEY, 2018) Otlu, Barış; Yakupoğulları, Yusuf; Gürsoy, Nafile Canan; Duman, Yücel; Bayındır, Yaşar; Tekerekoğlu, Mehmet Sait; Ersoy, Yasemin
    Our country is the epicenter of the OXA-48-like carbapenemase-producing Klebsiella and Escherichia coli; and in the recent years, the concern has been increasing due to both spreading of this resistance to other members of Enterobacteriaceae family and acquiring other carbapenemases by the OXA-48-producing strains. In this study, OXA-48 and NDM-1 co-production was presented in Providencia rettgeri. Two P.rettgeri strains that were resistant to all antimicrobials except colistin and tigecyclin, were isolated from two patients in the burn unit of our hospital, including one from the urine sample of a 68 years female in April 2017, and the other from a burn wound swab of a 35 years old male, in November 2017. Minimal inhibitory concentrations (MICs) of the isolates for imipenem and meropenem were measured as >= 32 mu g/ml; and for colistin and tigecyclin were 1 ve 0.5 mu g/ml, respectively. Multiplex PCR analysis showed that both strains were carrying bla(oxA-48 )and bla(NDM-1 )carbapenemases, and bla(TEM) extended spectrum beta-lactamase genes. By using DNA sequence analysis, the TEM gene was typed as bla(TEM-1). The Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE) analysis indicated that these two strains which were consecutively isolated from two different patients in a single unit within about seven months were genetically indistinguishable. No significant data that could explain the spread of these isolates was obtained from our retrospective analysis of the medical records including the results of environmental surveillance cultures, and patients' history. Nevertheless, hospital infection control committee enforced the infection control measures in that unit, and no further isolation was observed within three months period following the last isolation, neither from environmental nor from clinical samples. With this study, it was emphasized that the co-production of OXA-48 and NDM-1 carbapenemases which was reported from only three Enterobacteriaceae species up to date was ongoing for spreading to other species by using horizontal route, and also showing a potential to be a growing problem in the hospitals, by clonal expansion (vertical route). Effectively using of the molecular epidemiological methods will provide useful data to better understand the transmission dynamics of such rare, but problematic species in hospitals.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Composition and antimicrobial activity of the essential oil from mentha spicata L subsp spicata
    (Journal of Essential Oil Research, 2011) Karaer, Abdullah; Toprak, S. Yağmur; Otlu, Barış; Durmaz, Rıza
    The air-dried aerial parts of M.spicata L. subsp. spicata, which were collected from eastern Turkey, were subjected to hydrodistillation and the essential oil was obtained in a yield of 3.24% (v/w). The oil was analyzed by GC and GC/ MS. Thirty-seven constituents, accounting for more than 95.3% of the total oil composition, were identified. The main compounds of the essential oil were carvone (48.4%), 1,8-cineole (21.3%), b-pinene (3.5%), b-caryophyllene (3.3%) and trans-dihydrocarvone (2.9%). The antimicrobial activity of the oil was studied. It was evaluated against six microorganisms using the disc diffusion and broth microdilution methods. The oil showed great potential for its antimicrobial activities against Escherichia coli, Candida albicans, Candida tropicalis and moderate activities against Staphylococcus aureus.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Correlation of clinical, endoscopic, and histological findings with virulence factors in children with Helicobacter pylori gastritis
    (European Journal of Gastroenterology & Hepatology, 2014) Selimoğlu, Mukadder A.; Karabiber, Hamza; Otlu, Barış; Yıldırım, Özge; Özer, Ali; Şamdancı, Emine
    Background and goals: As there are limited data regarding the correlation between virulence factors and clinical, endoscopic, and histological findings in children with Helicobacter pylori gastritis, we aimed to evaluate that probable relationship in pediatric cases. Study: One hundred and fifty-nine children with chronic abdominal pain or dyspepsia were included in this study. Upper gastrointestinal endoscopy was performed and multiple biopsy samples were taken from the esophagus, the antrum, and the duodenum. PCR was used for the determination of virulence factors. Results: According to PCR analysis, 98 (61.6%) children were positive for H. pylori. Using histopathological examination and culture, H. pylori was detected in 65 (40.9%) and 51 (32.1%) children, respectively. Peptic ulcer prevalence and histopathological features were not different among cagA, cagE, or iceA1 positive and negative groups (P>0.05). Peptic ulcer prevalence and histopathological findings were more common in iceA2-positive patients (P<0.05). Antral nodularity was more common in cagA-positive patients (P<0.05). Endoscopic and histological features were not different among patients with or without m1 or m2 strains (P>0.05). S1b positivity was associated with a higher esophagitis rate (P<0.05). Conclusion: Among virulence factors, iceA2 was associated with peptic ulcer and milder histopathological findings, and vacAs1 was associated with milder histopathological findings.